Identificación y distribución de Phytophthora spp., agente causante de la pudrición negra del fruto de cacao (Theobroma cacao L.) en la Amazonia Noroccidental

Abstract

La caracterización de las especies de Phytophthora spp. que afectan cacao en función de los factores ambientales en la Amazonía es escasa. Por lo tanto, el objetivo de la investigación fue comprender la distribución y diversidad morfológica y genética de Phytophthora spp. en temporada seca (Ts) y de lluvias (Tll) en los municipios de Belén, La Montañita, El Paujil y El Doncello del departamento de Caquetá. En cada sitio de muestreo, fueron recolectadas las coordenadas geográficas, la incidencia de la enfermedad y muestras de frutos enfermos; a partir de los cuales, se obtuvieron aislados en agar CMA-PARPB y fueron purificados y, conservados en agar V8-RPBH. Los aislados fueron caracterizados morfológicamente siguiendo claves taxonómicas, y molecularmente con extracción de ADN total, amplificación, secuenciación y análisis filogenético de las regiones ITS1-5.8S-ITS2 y COX-I. La virulencia del patógeno fue caracterizada en frutos de los clones CCN51 y LUKER40. Se obtuvieron 114 aislados, distribuidos en siete morfotipos de esporangios y siete patrones coloniales, taxonómicamente identificados como P. palmivora, P. megakarya, P. citrophthora, P. nicotianae y, P. capsici, sin embargo, filogenéticamente fue identificada P. palmivora, determinando incongruencias entre la variabilidad morfológica y molecular. La virulencia evidenció diferencias significativas entre temporadas y clones, observándose la mayor severidad en los aislados de Ts y menor susceptibilidad en el clon CCN 51. La incidencia de la enfermedad fue mayor en Tll (10%), comparado con Ts (5,83%), adicionalmente, se observó el mayor tamaño de esporangios en Ts y mayor cantidad de esporangios en el gradiente entre 200 – 550 msnm en las dos temporadas. Este estudio reporta a P. palmivora como el agente causante de la Pudrición negra del fruto de cacao, así como, los hallazgos morfológicos, genéticos, patogénicos y ambientales que influyen sobre la identificación y el desarrollo de la enfermedad en cultivos de la Amazonía noroccidental. (Texto tomado de la fuente)

The characterization of the species of Phytophthora spp. that affect cocoa depending on environmental factors in the Amazon is scarce. Therefore, the objective of the research was to understand the distribution and morphological and genetic diversity of Phytophthora spp. in the dry season (Ts) and rainy season (Tll) in the municipalities of Belén, La Montañita, El Paujil and El Doncello in the department of Caquetá. At each sampling site, geographical coordinates, disease incidence and samples of diseased fruits were collected; from which, isolates were obtained on CMA-PARPB agar and were purified and preserved on V8-RPBH agar. The isolates were characterized morphologically following taxonomic keys, and molecularly with total DNA extraction, amplification, sequencing and phylogenetic analysis of the ITS1-5.8S-ITS2 and COX-I regions. The virulence of the pathogen was characterized in fruits of clones CCN51 and LUKER40. 114 isolates were obtained, distributed in seven sporangial morphotypes and seven colonial patterns, taxonomically identified as P. palmivora, P. megakarya, P. citrophthora, P. nicotianae and, P. capsici, however, phylogenetically P. palmivora was identified, determining inconsistencies between morphological and molecular variability. Virulence showed significant differences between seasons and clones, with the highest severity observed in the Ts isolates and the lowest susceptibility in the CCN 51 clone. The incidence of the disease was higher in Tll (10%), compared to Ts (5.83%), additionally, the largest size of sporangia was observed in Ts and the greatest number of sporangia in the gradient between 200 – 550 meters above sea level in both seasons. This study reports P. palmivora as the causative agent of black rot of cocoa fruit, as well as the morphological, genetic, pathogenic, and environmental findings that influence the identification and development of the disease in crops in the northwestern Amazon.