Comparación de perfiles de elementos genéticos plasmídicos de aislamientos clínicos de Acinetobacter baumannii provenientes del Instituto Nacional de Salud en el periodo 2012 - 2015, mediante secuenciación de genoma completo

Abstract

Acinetobacter baumannii es un microorganismo oportunista ampliamente diseminado en ambientes intra-hospitalarios, el cual se ha visto involucrado en diversos tipos de infecciones, especialmente en pacientes inmunocomprometidos. Del mismo modo, ha mostrado ser un pat´ogeno con una alta capacidad de resistencia a antibi´oticos, la cu´al se correlaciona con la presencia de pl´asmidos, por lo que la obtenci´on de los mismos favorece el estudio de estos en t´erminos epidemiol´ogicos. Sin embargo, la identificaci´on de estas secuencias a trav´es de estrategias convencionales no asegura la obtenci´on de las mismas. La secuenciaci´on de genoma completo de fragmentos cortos, resulta ser una alternativa de bajo costo que permite la obtenci´on de ADN gen´omico, incluyendo el plasm´ıdico. Se cre´o un flujo de trabajo escrito en Phyton por medio del cual se busca clasificar los contigs producto del ensamblaje empleando la herramienta SPAdes v3.8 asociados a secuencias plasm´ıdicas, con base en 5 metodolog´ıas. De los 82 aislamientos evaluados, 9 no presentaron secuencias asociadas a pl´asmidos. El objetivo del presente trabajo de investigaci´on es presentar una alternativa de selecci´on de contigs plasm´ıdicos producto de secuenciaci´on de genoma completo de fragmentos cortos y establecer perfiles de elementos plasm´ıdicos, aplicada a aislamientos colombianos de Acinetobacter baumannii, obtenidos a nivel intra-hospitalario durante los a˜nos 2012 - 2015 por el Instituto Nacional de Salud.