Caracterización de los plásmidos presentes en tres aislamientos multirresistentes de: Acinetobacter baumannii, Acinetobacter nosocomialis y Acinetobacter pittii obtenidos en hospitales colombianos.

Abstract

En las últimas décadas, el control de las infecciones asociadas al cuidado de la salud causadas por bacterias del género Acinetobacter se ha convertido en un problema global, ya que un gran porcentaje de aislamientos hospitalarios presentan resistencia a la mayoría de antibióticos de uso común, incluyendo: Penicilinas, cefalosporinas, aminoglicósidos, quinolonas, tetraciclinas, cloranfenicol y carbapenémicos; existen gran cantidad de estudios a nivel mundial que relacionan la presencia de elementos genéticos móviles con la diseminación de genes de resistencia. En este estudio se llevó a cabo la determinación del perfil plasmídico de las cepas multirresistentes A. baumannii 107m, A. nosocomialis 28F y A. pittii 42F aisladas en hospitales colombianos, utilizando la técnica de termolísis alcalina, a través de la cual fue posible obtener los plásmidos de menor tamaño presentes en estas cepas. Con el objetivo de identificar los elementos genéticos comunes que componen la estructura basal de los plásmidos del género Acinetobacter, se realizó una búsqueda en la base de datos GenBank; en la cual se encontraron 122 plásmidos completamente secuenciados de diferentes especies pertenecientes a este género; en los archivos de anotación se identificaron todos aquellos elementos que permiten la replicación y adecuada segregación del DNA plasmídico, así como aquellos que confieren ventaja adaptativa al hospedero, entre ellos: Genes de resistencia a antibióticos, genes de resistencia a metales pesados, compuestos aromáticos, entre otros. Para determinar la arquitectura genética de los plásmidos presentes en las cepas objeto de estudio, se planteó una estrategia de búsqueda que permitió reconocer dichos elementos en los archivos de anotación. Además se realizó un análisis comparativo a través de alineamientos de la secuencia de nucleótidos de los contigs obtenidos por secuenciación de alto rendimiento contra la base de datos Nucleotide collection (nr/nt) de Gen Bank utilizando la herramienta BLAST del NCBI que permitió establecer similitudes y diferencias entre los plásmidos encontrados y las secuencias reportadas.

Abstract. In the last decades, the control of the infections associated to the health care caused by bacteria of the genus Acinetobacter has become in a global problem, a large percentage of hospital isolates have presented resistance of the most antibiotics in common use, including penicillins, cephalosporins, aminoglicocidos, tetracyclines, chloramphenicol and carbapenems. There are global researchs that relate the presence of mobile genetics elements in the dissemination of resistance genes. In this research it took out the determination of the plasmid profile of multiresistant strains A. baumannii 107m, A. nosocomialis 28F y A. pittii 42F isolated in Colombian hospitals using the alkaline thermolysis technic through which it was possible get the smaller plasmids present in the strains. The target is identify the genetics elements who compose the plasmids basal structure and are common in the genus Acinetobacter a search was performed on the database GenBank in which they found 122 plasmids fully sequenced species belonging to this genus; in the annotation files has identify all the elements who allow replication and proper segregation of plasmidic DNA well as those that confer adaptive advantage to the host including antibiotics resistance genes, heavy metals resistance genes and aromatics. To determine the genetic architecture of the plasmids present in strains under study, a search strategy that recognized these elements in the annotation files are raised, plus a comparative analysis was performed using alignments of the contigs obtained by sequencing high performance against the database Nucleotide collection (nr/nt) of GenBank using the NCBI BLAST tool that allowed us to establish similarities and differences between plasmids and the sequences reported found.