Evaluación del estado de metilación de genes supresores tumorales y amplificación de oncogenes, como marcadores moleculares en DNA libre en plasma de pacientes con cáncer pulmonar, atendidos en cuatro hospitales de Bogotá – Colombia

Abstract

Existen diversos factores genéticos y epigenéticos que tienen lugar en la carcinogénesis general y en la pulmonar, entre ellos se ha descrito la amplificación de oncogenes y la metilación de genes supresores tumorales. En el presente estudio se evaluó la amplificación de los oncogenes MYCL1, MYCN, MYC, EGFR, ERBB2 Y AKT2, y la metilación de los genes supresores tumorales p16, FHIT, APC, TIMP2, MGMT, RASSF1 en DNA obtenido a partir de tejido pulmonar tumoral y plasma sanguíneo de pacientes con cáncer primario de pulmón, y en tejido pulmonar normal y plasma de personas sanas, para determinar si el estado de amplificación y metilación de dichos genesdiferencia entre los fenotipos neoplásico y normal, evaluando también la utilidad del DNA libre en plasma sanguíneo para la detección de las características moleculares del tumor. Los 6 marcadores de metilación evaluados tienen valores de sensibilidad por debajo de 43, lo que indica que estos marcadores no son eficientes para identificar si un DNA es de un paciente con cáncer o sano. Sin embargo, tener metilado el gen RASSF1 genera un OR de 33, es decir, que si RASSF1A se detecta metilado en el tejido pulmonar, hay 33 veces más probabilidad que este tejido sea tumoral frente a un tejido que no tenga metilado este gen. Si el análisis se realiza a partir de plasma sanguíneo el OR disminuye a 9. De los 6 genes evaluados para amplificación, el oncogén AKT2 es el que se encuentra amplificado con mayor frecuencia en tumores (74% de las muestras), así mismo es el que mejor discrimina entre fenotipo neoplásico y sano. Este marcador tiene una probabilidad entre 76% y 89% de clasificar correctamente individuos con cáncer e individuos sanos. Esta investigación muestra la importancia de profundizar en el estudio de marcadores moleculares (oncogénicos y no oncogénicos) en plasma sanguíneo, pudiendo convertirse este tipo de pruebas en el principal método de tamizaje para el abordaje efectivo de la patología neoplásica pulmonar en sus primeras etapas. / Abstract. There are several genetic and epigenetic factors that occur both in general and lung carcinogenesis, among these described include amplification of oncogenes and tumor suppressor gene methylation. In this study, an evaluation of the amplification of oncogenes MYCL1, MYCN, MYC, EGFR, ErbB2 and AKT2, and the methylation of tumor suppressor genes p16, FHIT, APC, TIMP2, MGMT, RASSF1A in DNA obtained from lung tissue tumor and blood plasma of patients with primary lung cancer, and normal lung tissue and blood plasma of healthy individuals was performed to determine whether the amplification and methylation status of these genes differs between normal and neoplastic phenotypes, additionally evaluating the usefulness of free DNA in blood plasma for the detection of molecular tumor characteristics. The 6 markers of methylation evaluated have sensitivity values below 43, indicating that these markers are not efficient in identifying if DNA is from a cancer patient or a healthy patient. However, having a methylated RASSF1A gene generates an OR of 33, that is to say, if methylated RASSF1A is detected in lung tissue, it is 33 times more likely that this tissue is tumor tissue compared to tissue that does not have this methylated gene. If the analysis is done with blood plasma the OR reduces to 9. Of the 6 genes evaluated for amplification, the oncogene AKT2 is found to be amplified more frequently in tumors (74% of samples), so it is the best one to discriminate between a neoplastic and healthy phenotype. This marker has a probability between 76% and 89% to correctly classify individuals with cancer and those that are healthy. This research shows the importance of further study of molecular markers (oncogenic and non-oncogenic) in blood plasma, with this type of testing potentially becoming the primary screening method for an effective approach to neoplastic lung disease in its early stages