Implementación de una metodología in silico usando el modelo oculto de Markov para la identificación de proteínas involucradas en el mecanismo de señalización con Ubiquitina en el sistema Uubiquitina-Proteosoma en el parásito Giardia intestinalis

Abstract

Nosotros desarrollamos un LINUX Bash Script para la identificación del sistema de Ubiquitinación usando el HMM. Identificamos 256 secuencias del sistema de Ubiquitinación en Giardia y seleccionamos una de estas secuencias para su estudio experimental; el ortólogo OTU. La actividad OTU de esta secuencia fue confirmada por primera vez en Giardia y en un organismo protozoario, siendo este el soporte de la pertinencia de nuestra aproximación bioinformática. / Abstract. We developed a LINUX Bash Scrip for the identification the Ubiquitin system using HMM. We identified 256 sequences of the Ubiquitin System in Giardia and one sequence was studied experimentally; it is a OUT ortolog. The OUT activity was confirmed for first time in Giardia and in a one Protozoan organism. This evidence is a supporting the usefulness of this bioinformatics.