Mapeo de genes de inmunidad en yuca

Abstract

La yuca constituye uno de los pilares de la seguridad alimentaria de las regiones tropicales del mundo. Sin embargo su producción puede verse afectada por problemas fitosanitarios. La mejor alternativa para evitar las pérdidas ocasionadas por patógenos es a través del empleo de variedades resistentes desarrolladas a partir del conocimiento de los mecanismos de resistencia. Como un primer paso hacia la identificación de genes de inmunidad asociados con la resistencia a patógenos particulares de yuca, el objetivo principal de este trabajo fue el mapeo genético de estos genes. Con este fin se identificaron 122 SNPs en las secuencias no codificantes de 21 genes putativos de inmunidad en dos variedades parentales de una población de mapeo. Este estudio permitió la identificación de 36 SNPs intravariedad en 14 genes de TMS30572 y 33 SNPs en 10 genes de CM2177-2, los cuales pueden ser mapeados mediante estrategias basadas en SNPs. Alternativamente se identificaron 2.536 SSRs que flanquean genes putativos de inmunidad, 30 de ellos se evaluaron en los parentales y 17 de ellos resultaron ser polimórficos. Siete SNPs y 13 SSRs fueron evaluados en la población F1 compuesta por 150 individuos, lo que permitió el mapeo de dos marcadores basados en SNPs, de dos marcadores basados en PCR y de 11 SSRs que conjuntamente fueron ubicados en cinco grupos de ligamiento del parental masculino y siete grupos de ligamiento del parental femenino. La ubicación de estos marcadores ligados a genes de inmunidad permitirá establecer asociaciones con QTL o con loci de resistencia previamente identificados en yuca.

Abstract. Cassava constitutes one of the of food security pillars in tropical regions of the world. Nevertheless production can be affected by phytosanitary problems. The best alternative to avoid losses caused by pathogens is through the use of resistant varieties developed through the knowledge of resistance mechanisms. As a first step towards the identification of immunity genes associated with resistance to particular cassava pathogens, the main aim of this work was the genetic mapping of these genes. For this purpose 122 SNPs were identified in non-coding sequences of 21 putative immunity genes between two parental varieties of a mapping population. This study allowed the identification of 36 intervarietal SNPs on 14 genes in TMS30572 and 33 SNPs on 10 genes in CM2177-2, which can be mapped using SNPs based approaches. Alternatively 2.536 SSRs flanking putative immunity genes were identified, 30 of them were assessed in parental varieties and 17 of them were found to be polymorphic. Seven SNPs, and 13 SNPs were assessed in the F1 population consisting of 150 individuals, allowing the mapping of two SNPs based markers two PCR based markers and eleven SSRs that together were placed in five linkage groups of the male parent and seven linkage groups of the female parent. The location of these immunity genes linked markers will establish associations with QTL or resistance loci previously identified in cassava.