Detección molecular de virus y viroides en vitroplantas de papa nativas y variedades comerciales mediante la técnica qPCR

Abstract

El enfoque principal de nuestro estudio fue la implementación de seis sistemas para la detección de cinco virus y un viroide de papa nativa y comercial mediante la técnica de qPCR. La estandarización de las reacciones individuales y el uso de diluciones de concentración conocida a partir de controles positivos sintéticos permitió elaborar curvas de calibración para caracterizar los rangos dinámicos de los sistemas evaluados. La selección adecuada de cebadores, junto con un análisis informático exhaustivo y la evaluación de variables de reacción, condujo al diseño exitoso de dos sistemas de detección RT-PCR Múltiplex con resolución en geles de agarosa. Durante el análisis de las muestras de RNA de vitroplantas, se detectaron productos de amplificación para los virus PVX y PVS, sin embargo, no se observó la presencia de todos los virus y el viroide en todas las muestras procesadas. Los resultados de nuestra investigación proporcionaron información detallada sobre las características de cada sistema evaluado, evidenciando diferencias entre los límites de detección de los sistemas diseñados debido a variables cinéticas y la selección de los cebadores. El diagnóstico molecular permitió una evaluación del estado fitosanitario de las muestras de vitroplantas de papa, desempeñando un papel fundamental en los procesos de certificación de material vegetal y de propagación (Texto tomado de la fuente).

The main focus of our study was the implementation of six systems for the detection of five viruses and a viroid of native and commercially grown potatoes using the qPCR. Standardization of individual reactions and the use of dilutions of known concentration from synthetic positive controls allowed for the construction of calibration curves to characterize the dynamic ranges of the evaluated systems. Proper primer selection, along with thorough computer analysis and evaluation of reaction variables, led to the Successful design of two RT-PCR Múltiplex detection systems with resolution on agarose gels. During the analysis of vitroplant RNA samples, amplification products were detected for the PVX and PVS viruses; however, the presence of all viruses and viroid was not observed in all processed samples. The results of our research provided detailed information on the characteristics of each evaluated system, highlighting differences in the detection limits of the designed systems due to kinetic variables and primer selection. Molecular diagnosis allowed for an assessment of the phytosanitary status of potato vitroplant samples, playing a fundamental role in the certification processes of plant material and propagation.