Detección de QTL para arquitectura panicular en arroz (Oryza sativa), usando un nuevo método de genotipificación por secuenciación

Abstract

Entre los componentes del rendimiento en el cultivo del arroz, el hábito de ramificación de la panícula es un punto importante en la producción de granos ya que está estrechamente relacionada con el potencial productivo. Hay una amplia gama de arquitecturas de panícula entre las subespecies de arroz tanto índicas como japónicas, cuyas variaciones naturales intra e interespecíficas representan un recurso muy valioso y en gran medida sin explotar para el mejoramiento genético. Para identificar los loci de caracteres cuantitativos (QTL) que controlan la arquitectura panicular, sus efectos pleitrópicos y las interacciones que se pudiesen presentar entre ellos, se fenoripificaron en detalle en el Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT), rasgos propios de la estructura panicular, así como también de características del grano y algunos caracteres morfo-agronómicos de una población de 187 líneas recombinantes endocriadas IR64 (índica) x Azucena (japónica) que fueron secuenciadas mediante un nuevo método de genotipificación por secuenciación, obteniendo 3066 polimorfismos de nucleótido simple (SNP) realmente informativos. Se identificaron en total 151 loci para los caracteres evaluados, 73 de ellos codificando para rasgos propios de la estructura panicular, de los cuales 53 corresponden a nuevos reportes y que pueden ser de gran interés en la mejora de la estructura panicular, para aumentar el potencial de rendimiento en el arroz.

//Abstract: Among components of yield in rice cultivation, panicle branching habit is an important point in grain production because it is closely related to productive potential. There is a wide range of panicle architectures between both indica and japonic rice subspecies whose natural intra and interspecific variations represent a very valuable and largely untapped resource for genetic improvement. Features of the panicular structure, as well as of grain characteristics and some morpho-agronomic characters from a population of 187 inbred IR64 (Indica) x Azucena (japonic) lines, were phenotyped in detail in the International Center of Tropical Agriculture –CIAT, in order to identify the loci of quantitative traits that control the panicular architecture, its pleitropic effects and the interactions that could occur between them. Those lines were sequenced using a new genotyping method by sequencing obtaining 3066 single nucleotide polymorphisms (SNP). A total of 151 loci were identified for the characters evaluated, 73 of them coding for features specific to the panicular structure, of which 53 correspond to new reports and that may be of great interest in the improvement of the panicular structure, to increase the potential of yield in rice.