Determinación de variantes del virus del amarillamiento de las nervaduras de la hoja de papa (pyvv) por análisis molecular de tres genes en aislados colombianos de solanum spp.

Abstract

Potato yellow vein virus (PYVV) es un virus cuarentenario de países andinos como Colombia, Venezuela Perú y Ecuador, que puede llegar a ocasionar perdidas del 25% al 50% de la producción de plantas de papa. PYVV es un virus RNA de cadena sencilla, sentido positivo, genoma tripartita que pertenece a la familia Closteroviridae y género Crinivirus. Existe información acerca de la variabilidad viral de esta familia, sin embargo, poco se conoce acerca de la variabilidad del PYVV. Con el objetivo de determinar la presencia de variantes del virus en 60 aislados de Solanum tuberosum Grupo Phureja y Andígena provenientes de Nariño, se realizó análisis molecular de tres genes: gen de la proteína mayor de la cápside (CP), de la proteína menor de la cápside (CPm) y de la proteína de choque térmico (Hsp70), a través de la técnica de SSCP y por secuenciación de un subgrupo de aislados que presentaron perfiles diferentes de uno o varios genes. En el Grupo Phureja se encontraron 8 perfiles SSCP para el gen Hsp70 (A-H), 2 perfiles para la CP (1-2) y 6 perfiles para el gen CPm (I-IV) mientras que para el Grupo Andígena se encontraron 6 perfiles (A-F) para el gen Hsp70, 3 perfiles (1-3) para el gen CP y 6 perfiles para el gen CPm (I-IV). Los análisis bioinformáticos sobre las secuencias confirmaron lo encontrado por SSCP, sin embargo algunas de estas variantes posiblemente no generan cambios a nivel de aminoácidos de la proteína. La mayor variabilidad fue determinada en el gen CPm seguido del Hsp70 y por último el gen CP, sin embargo, el análisis de selección natural permitió concluir que para los tres genes el tipo de selección es negativa o purificadora. Este trabajo es el primero que analiza la variabilidad del PYVV en base a tres genes y en dos hospederos. Los resultados son importantes para el conocimiento genético viral y deben ser de interés para los programas de fitomejoramiento de la papa y control del virus. / Abstract. Potato yellow vein virus (PYVV) affects potato crops of countries such Colombia, Venezuela, Peru and Ecuador, and potentially causes yield losses of 25% to 50% of the tuber. PYVV is a single-stranded positive RNA virus with a tripartite genome that belongs to the family Closteroviridae and genus Crinivirus. There is information about viral variability of this family, however, little is known about the variability of PYVV. In order to determine the presence of variants of the virus in 60 isolates from Solanum tuberosum Phureja and Andigena from Nariño, molecular analysis was made of the three genes: major capsid protein (CP), the minor capsid protein (CPm) and heat shock protein (Hsp70), through the technique SSCP and sequencing of a subset of isolates showed different profiles of one or more genes. In Phureja there were 8 SSCP profiles for the Hsp70 gene (A-H), 2 profiles for the CP (1-2) and 6 profiles for the CPm gene (I-IV) while in Andígena we found 6 profiles (F-A) for the Hsp70 gene, 3 profiles (1-3) for the CP gene and 6 profiles for the CPm gene (IIV). The bioinformatic analysis of the sequences confirmed the findings of SSCP, however some of these variants may not have impact on the protein. Greater variability was determined for the CPm gene, followed by the Hsp70 and finally the CP gene, however, natural selection analysis concluded negative or purifying selection for the three genes. This work is the first to analyze the variability PYVV on three genes and two hosts. The results are important for viral genetic knowledge and should be of interest for breeding programs and control of potato virus.