Construcción de redes de regulación génica usando datos de secuenciación de ARN

Abstract

La utilización de datos de secuenciación de ARN se ha convertido en un reto en cuanto a la construcción de métodos estadísticos que permitan analizar, entre otras cosas, la interacción de los genes dentro de las células. Esta interacción puede ser vista mediante una red, pues permite observar la forma en cómo los genes se comunican entre sí, proceso conocido como regulación. Se propone una metodología para la construcción de redes de regulación génica de dos maneras distintas: la primera enfocada a la construcción de la red utilizando las características topológicas de la misma. La segunda, haciendo uso de un modelo gráfico que incluya la distribución nodo-condicional de los datos de RNA-Seq; de esta manera abordar el problema desde la visión distribucional y no paramétrica.

Abstract: The use of RNA sequencing data has become a challenge in the construction of statistical methods that allow to analyze, inter alia, the interaction of genes within cells. This interaction can be seen on a network, since this allows to see how the genes communicate with each other, the process known as regulation. It is proposed to construct a network from the RNA sequencing data using a measure of similarity for the counting data and defining a similarity threshold that allows one to decide whether a gene is regulator or regulated in order to construct a directed network as well as a network-based node-conditional distribution of RNA sequencing data using graphical models, to then make an assessment of the advantages and disadvantages of each of the proposed methods.