Análisis bioinformático y desarrollo de útiles génicos para la caracterización molecular in vitro, de un posible transportador de cationes alcalinos ó alcalinotérreos de la membrana plasmática de Mycobacterium tuberculosis
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Resumen
Las ATPasas tipo P hidrolizan ATP y usan la energía liberada para transportar iones a través de membranas plasmáticas en contra de gradientes electroquímicos, lo que las hace esenciales para la viabilidad celular. La distribución y función de estos transportadores en las micobacterias es pobremente entendida en la actualidad. En el presente estudio, se construyeron perfiles probabilísticos basados en modelos ocultos de Markov para identificar y clasificar las ATPasas tipo P del complejo tuberculoso (MTBC) de acuerdo con el tipo de iones posiblemente transportados por ellas. Se analizaron sus topologías, perfiles de hidrofobicidad y motivos conservados para correlacionar las secuencias de aminoácidos de las ATPasas tipo P micobacterianas con sus posibles especificidades iónicas. Finalmente, se construyeron los útiles génicos necesarios para la caracterización molecular In vitro de CtpF, un posible transportador de cationes alcalinos/alcalinotérreos de Mycobacterium tuberculosis, así como del factor de virulencia MgtC. / Abstract. P-type ATPases hydrolyze ATP and release energy that is used in the transport of ions against electrochemical gradients across plasma membranes, making these proteins essential for cell viability. Currently, the distribution and function of these ion transporters in mycobacteria are poorly understood. In this study, probabilistic profiles were constructed based on hidden Markov models to identify and classify P-type ATPases in the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) according to the type of ion transported across the plasma membrane. Topology, hydrophobicity profiles and conserved motifs were analyzed to correlate amino acid sequences of P-type ATPases and ion transport specificity. Additionally, genetic tools were constructed for the In vitro molecular characterization of CtpF, a possible alkaline/alkaline earth metal cation transporter from Mycobacterium tuberculosis, as well as the MgtC virulence facto