El cultivo de papa es uno de los principales cultivos a nivel mundial. No obstante se ve seriamente afectado por diferentes patógenos, dentro de los cuales uno de los que ha venido cobrando gran importancia es el plasmodiophorido Spongospora subterranea f.sp. subterranea, disminuyendo la productividad del cultivo y la calidad para su exportación. Dentro de las principales estrategias para el control de la enfermedad esta la implementación de variedades resistentes mediante el mejoramiento genético por selección asistida por Marcadores moleculares (MAS). En esta investigación se identificaron genes que pueden ser utilizados como marcadores de selección en programas futuros de mejoramiento genético para incrementar la resistencia del cultivo de papa a la sarna polvosa. Para ello se evaluó la expresión diferencial de genes de las variedades Criolla Colombia y Criolla Latina, contrastantes por su resistencia a Sss mediante la pirosecuenciación de su transcriptoma después de la infección con el patógeno. Se seleccionaron los genes identificados por presentar expresión diferencial (metalotioneina, inhibidor de pectin metilesterasa, alfa-galactosidasa, proteína putativa de resistencia a tinzón tardío y fitolquinasa), con el fin de evaluar sus niveles de expresión en 10 materiales de la Colección Colombiana de S. phureja, que presentaban diferentes niveles de resistencia y susceptibilidad a la enfermedad, mediante RT-PCR en tiempo real. Adicionalmente se propusieron métodos bioinformáticos alternativos para el análisis de resultados. /Abstract. The potato is a major crop worldwide. But is seriously affected by different pathogens, among which one that has been gaining great importance is the plasmodiophorid S. subterranea f.sp. subterranea, reducing the crop productivity and quality for export. Among the main strategies to control this disease exists the resistant varieties implementation through genetic improvement by marker-assisted selection (MAS). In this research we identified genes that can be used as selection markers in future breeding programs to increase the resistance of potato to powdery scab. We evaluated the differential expression of genes of the cultivars ―Criolla Colombia and ―Criolla Latina