El chigüiro (Hydrochoerus hydrochaeris) ha sido considerado una especie promisoria para el desarrollo económico de la región Orinoquia en Colombia, por lo que el Ministerio de Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial (MAVDT) adelanta actualmente la normatividad requerida para avalar un cupo global de aprovechamiento de esta especie. Sin embargo, por la estructura social de este roedor se requiere que la caza de machos sea mayor que la de hembras. En consecuencia, la presente investigación busco brindar una herramienta al Ministerio, para realizar los controles (en los individuos sacrificados) que garanticen una caza basada en el sexo y no en el tamaño del animal, como se hace actualmente en la caza furtiva. Para esto se intentó estandarizar la PCR sobre dos marcadores moleculares, el gen Amelogenina (AMEL) y la región conservada HMG del gen SRY (SRY-HMG) ubicados en los cromosomas X y Y respectivamente. Se emplearon varios set de primers y con la colaboración del Dr. Sánchez (Universidad de Jaén) también se realizó southern blot para el gen SRY con ADN de chigüiro sin obtener señalización positiva. Con los resultados obtenidos, se especula que en H. hydrochaeris el gen SRY esta ausente o la caja HMG ha tenido cambios profundos, por lo que la determinación de sexo en chigüiro podría ser independiente de este gen. Se discuten también otros genes candidatos a determinar la masculinidad en este roedor. Sin embargo, el uso conjunto de la amplificación de Amelogenina y la secuencia de 550 pb específica de machos de este roedor; resulta útil para la identificación molecular de sexo de esta especie. / Abstract: The capybara (Hydrochoerus hydrochaeris) has been considered a promising species for the economic development of the Orinoco region in Colombia. Therefore, the Colombian Ministry of Environment, Housing and Territorial development (MAVDT) is currently preparing regulations to ensure the global quota for exploitation of this species. However, the social structure of this rodent necessitates that the hunt of males should be greater than that of females. Consequently, this research focused on provididing a molecular tool for the controls (in individuals killed) ensuring that the gender of the prey is the primary hinting criterion, not the size of the animal, as is currently done in poaching. In this study we attempted to standardize the PCR on two molecular markers, Amelogenin gene (AMEL) and HMG conserved region of the SRY gene (SRY-HMG) located on chromosomes X and Y respectively. Several set of primers were used and with the collaboration of Dr. Sanchez from the (University of Jaen), but no positive signs were observed with capybara´s DNA. These results suggest that in H. hydrochaeris, either the SRY gene is absent, or the HMG box has undergone profound evolutionary changes, to the point that sex determination in capybara could be independent of this gene. Other genes are also discussed as candidates to determine masculinity in this rodent. However, the joint use of Amelogenin with male´s specific sequences of 550 pb of this rodent, results useful to molecular sex determination of this species might be obtained.