Basado en la evaluación de indicadores de estrés, vistos desde una perspectiva biocultural, se registran las diferencias en la salud de dos muestras cuyas fechas se ubican en la transición del periodo muisca temprano al tardío, adscritas al sur y norte del territorio Muisca, con el objeto de analizar el impacto de la transición sobre la salud de cada población. Se estudió una muestra conformada por 108 individuos, tomando registro de indicadores de crecimiento, hipoplasias dentales, caries, anemia, periostitis, lesiones específicas como tuberculosis y treponematosis, EAD y traumas, bajo una metodología estandarizada. Si bien se sugiere tener prudencia en los resultados, dadas las dificultades del diagnóstico de la periostitis, se resalta un porcentaje alto de procesos infecciosos en las dos muestras, traumas en la población de Marín y de hipoplasias y EAD en Soacha. Las pruebas chi-cuadrado reflejan poca asociación entre las variables y el sitio, pero relaciones significativas entre indicadores de procesos infecciosos. Se concluye que los indicadores presentados corroboran estudios anteriores sobre las poblaciones muiscas y expresan probables diferencias en el acceso a los recursos, la dieta y el aumento de problemas infecciosos durante este periodo, que generó peores condiciones de salud al norte del territorio. Al tiempo, se registran condiciones desfavorables para la población femenina en general y altos porcentajes de EAD en las mujeres de Soacha. / Abstract. Based on the evaluation of stress indicators, seen from a biocultural perspective for two populations (whose dates are located in the transition from early to late-Muisca period, assigned to the south and north of Muisca territory) the differences in health are recorded to analyze the impact of transition on the health of each population. A sample composed by 108 individuals was under study, taking record of: growth indicators, dental hypoplasia, caries, anemia, periostitis, specific lesions such as tuberculosis and treponematoses, DJD and trauma using a standardized methodology. Although it is suggested to be careful with the results, given the difficulties of diagnosis of periostitis, it is remarkable a high percentage of infectious processes in the two samples, trauma in the population of Marin and hypoplasias and DJD in Soacha. The chi-square tests show that the variables and the site can be independent from each other, and that there is no evidence of independency between the site and infectious processes. It is concluded that the indicators presented confirm previous studies on Muisca populations, signal probable disparities in: access to resources, diet and show increasing infectious problems during this period that led to worst health conditions in northern territory. At the same time, unfavorable conditions for the female population were recorded and high rates of DJD in women of Soacha population.