El presente estudio estableció la presencia de Mycoplasma gallisepticum (MG) en un 48.2 % y Mycoplasma synoviae (MS) en un 69.9 %en granjas de ponedoras comerciales (GPC) y granjas de reproductoras pesadas (GRP) del centro de Colombiaa partir de 193 muestras de hisopos traqueales mediante la técnica de PCR usando los genes mgc2 y vlhA respectivamente. De igual forma se determinaron infecciones mixtas de MG y MS en un 43.5 % de los casos. Se encontraron diferencias significativas (p0,05) entre la presencia de Mycoplasma y los tipos de explotación y factores zootécnicos. Igualmente se realizó la prueba RFLP que permitió determinar dos patronesen 93 muestras positivas por PCR del gen mgc2 de MG: un patrón de cepa F en un 39.8 % y un patrón de cepa de campo en un 60.2 % sin encontrarse diferencias significativas (p0,05) entre el uso de vacunas de MG y los patrones encontrados. El mayor porcentaje del patrón 2 se encontró en aves alojadas en piso en las GPC. Se secuenciaron 34 amplificados de MG y sé confirmaron los patrones de cepa vacunal y cepa de campo obtenidos mediante la RFLP. A partir de la secuenciación de una porción del gen hipervariablevlhA de MS, se confirmó la gran diversidad de cepas de MS que se encuentran circulando en las GPC y GRP de la zona centro del país, así como la presencia de infecciones por dos cepas de MS en un mismo lote.Abstract. The presence of Mycoplasma gallisepticum (MG) and Mycoplasma synoviae (MS) was established by PCR of mgc2 and vlhA genes respectively, in layer and breeder farms located in the central area of Colombia. From a total of 193 tracheal swabs samples, 48.2% were MG positive, 69.9 % were MS positive and 43.5 % corresponded to MG and MS mixed infections. Statisticallysignificant differences (p0.05) werefound when Mycoplasma results were compared against the type of farms and zootechnical parameters. Two patterns were defined in 93 samples analyzed by PCR-RFLPof the MG mgc2 gene: the strain F pattern was observed in 39.8 % and the field pattern was found in 60.2 % of the samples. No statistical differences were found between the observed pattern and the type of MG vaccine used. Sequencing analysis of 34 MG positive samples confirmedthe two RFLP patterns. Gene sequencing analysis of the hipervariable vlhA region showed a great number of MS strains. Mixed infection by two strains of MS was confirmed in samples from a flock in GPC and GRP. These results confirm MS variability in the farms at the central zone of Colombia.