En este trabajo se evaluó la efectividad del uso del software Avogadro en la enseñanza y aprendizaje de la nomenclatura orgánica comparado con la metodología tradicional, en estudiantes de grado 11 de una institución pública en el municipio de Pereira en el año 2013. El enfoque del trabajo es cuantitativo con un diseño experimental, donde se conformaron dos grupos: el experimental que recibió los contenidos a través del software Avogadro y el grupo control que recibió los mismos contenidos con la metodología tradicional. Se realizaron 3 cuestionarios: antes, durante y al terminar la estrategia pedagógica; se diseñó una base de datos en Excel para la captura de la información de cada uno de los registros. Para el análisis de la información se utilizó el software estadístico STATA 10. Los resultados demostraron que el grupo experimental obtuvo un mejor desempeño que el grupo control, estableciendo que es efectivo el uso del software Avogadro en la enseñanza y aprendizaje de la nomenclatura orgánicaAbstract : This study evaluates how effective is the use Avogadro software in teaching and learning organic nomenclature compared to the traditional methodology, it was developed with 11th grade students in a high school in the city of Pereira in 2013. For this purpose the students were divided into two groups: the experimental one which received the content through the Avogadro software and the control group which did it with the traditional methodology, this using a quantitative experimental design. There were 3 questionnaires: before, during and at the end of the teaching strategy; a database was designed in Excel in order to capture the information of each one of the records and for the analysis of the information there was used the statistical software STATA 10. In conclusion, the experimental group showed better results compare to the control one due to the effectiveness of using Avogadro software in teaching and learning organic nomenclature