Se evaluó la heterocigosidad de líneas endogámicas S1 obtenidas en el programa de mejoramiento del CIAT, a partir de cuatro clones élites de yuca (Manihot esculenta Crantz) mediante el uso de marcadores microsatélites, como perspectiva para la incorporación de líneas endogámicas como progenitores para el desarrollo de híbridos más competitivos. Se evaluaron 72 microsatélites y se calcularon los niveles de heterocigosidad y vigor para cada genotipo. Los progenitores presentaron una heterocigosidad de 45-50%. En la progenie se presentó una reducción general del 50% de heterocigosidad debido a efectos de endogamia. El efecto de endogamia se midió con respecto al rendimiento por planta. El rango de variación en el efecto de endogamia fue muy amplio, y la depresión afectó de manera diferente a cada variable evaluada en campo, tanto entre familias como entre genotipos, haciendo evidente la gran heterocigosidad en la que se encuentra la yuca. Los genotipos más heterocigotos no necesariamente presentaron los valores más altos de vigor por rendimiento. La selección de las líneas S1 se discutió con base en individuos con bajo nivel de heterocigosidad pero muy vigorosos (tolerancia a endogámica) con el fin seleccionar los genotipos de baja carga genética y pasar a una generación más avanzada de endogamia.//Abstract: The effect of selfing on heterozygosity and vigour was estimated in 316 S1 selfing lines obtained by four cassava elite clones. The heterozygosity level, estimated by 72 simple secuence repeat (SSR) marker decrease 50% from S0 to S1 genetation by inbreeding effect. Plant vigour estimated by dry matter yield had a large variation rank and inbreeding depression affected in different way in and between the families making evidence the great heterozygosity of cassava. No correlation between plant vigour and heterozygosity was found. Selection was discussed biase the lowers heterozygosity and higher vigour to select the best genotypes, grouping good genes and good genio combinations with high selection value, to pass to the next inbreeding generation.