Introducción: La variación molecular y fenotipica fue evaluada en aislamientos de Moniliophthora roreri, patógeno causante de la moniliasis, una de las enfermedades mas limitantes en las plantaciones de cacao (Theobroma cacao L.), con el fin de obtener mas información sobre la diversidad intraespecifica de este patógeno en 12 municipios cacaoteros del departamento de Antioquia. Materiales y métodos. La caracterización fenotipica se realizo en 236 aislamientos con base en variables de tipo cualitativo y cuantitativo: Tipo de esporulación, Borde de la colonia, Textura de la colonia, sectores, Crecimiento radial, Día de esporulación, Producción de esporas, Porcentaje de esporas globosas y alargadas, Diámetro de esporas globosas y Ancho y largo de esporas alargadas. La caracterización molecular se realizo a trabes de la actividad de 30 isoenzimas utilizando electroforesis de almidón y mediante el marcador de regiones ricas en AT se definieron perfiles de restricción de ADN mitocondrial utilizando la enzima HaeIII. Resultados. Las poblaciones de M. roreri mostraron variación morfológica y no conformaron grupos que respondieran a patrones definidos con respecto al origen geográfico, tipo de cacao o condiciones climáticas predominantes en las zonas objeto de estudio. Por medio de isoenzimas se determino la actividad en las 30 enzimas evaluadas de las cuales solo 4 fueron polimorficas y se observo que la diversidad genética encontrada correspondió a una población de tipo asexual, sin embargo, se encontraron individuos con patrones de bandas consistentes con la 2 hipótesis de un estado diploide existente, pero poco estudiado. La diversidad encontrada por medio de regiones ricas en A-T fue baja, con un coeficiente de similitud entre aislamientos de 0.95, encontrándose la mayoría de la variación genética según el análisis de varianza molecular (AMOVA) dentro de los municipios con un porcentaje de variación del 80%. Conclusiones. Las poblaciones del hongo en Antioquia presentan una reproducción predominante de tipo asexual, evidenciada en los bajos niveles de variabilidad genética encontrada. Sin embargo la poca variación existente puede deberse a procesos ocasionales de reproducción de tipo sexual