Análisis de polimorfismos en microsatélites aleatorios de DNA del germoplasma de bananas de la colección de CORPOICA Palmira

Abstract

En Colombia el cultivo de banano para exportación es muy importante en el Urabá Antioqueño y en el Magdalena medio, por esta actividad el país percibe 757,3 millones de dólares los cuales representan el 0.4% PIB. CORPOICA cuenta en total con 188 entradas de bananas en colección de campo y 164 accesiones en cultivo de tejidos in vitro. La relación genética entre las bananas se ha estudiado usando diferentes métodos moleculares entre ellos están RAPD, SRAP, AFLP y ISSR. Se han realizado estudios que comparan el uso de marcadores microsatélites y características morfológicas estimando la relación genética entre cultivares de banana. Se han realizado estudios importantes en bananas con el método de micros satélites Amplificados al Azar. En 1996 se describe el uso de los Randomly Amplified Microsatellites (RAMS) como un método universal para el estudio de la variación genética en especies de hongos y posteriormente han sido utilizados en el estudio de plantas. En esta técnica, un solo cebador 5´ de PCR degenerada "universal" se dirige a las repeticiones intrínsecas de los microsatélites y el DNA entre los extremos distales de las dos regiones de los microsatélites estrechamente posicionadas es amplificado, lo que resulta en patrón de ampliaciones específicas de la especie después de la separación electroforética del gel. Los marcadores RAMS son muy importantes como resultado del elevado nivel de polimorfismo, carácter dominante, facilidad de aplicación, alta reproducibilidad y bajo costo. Con el avance de la ingeniería genética en el aislamiento, secuenciación y transferencia de genes, se hace necesario el establecimiento de grandes bancos de genes para su conservación. En Colombia el 70% de las accesiones vegetales en VIII Análisis de polimorfismos en microsatélites aleatorios de DNA del germoplasma de bananas de la colección de CORPOICA Palmira condiciones ex situ de los bancos nacionales se conservan en CORPOICA. En este estudio se caracterizaron molecularmente 93 variedades de bananas pertenecientes al estado colombiano mantenida por CORPOICA. Utilizando la técnica RAMS (Ramdomly Amplified Microsatellites). El análisis se realizó sobre 72 loci polimórficos con cinco primers CA, AG, CGA, CT y TG. La varianza molecular AMOVA muestra que no existen diferencias significativas entre 6 poblaciones de bananas analizando los genomas AA, AAB, AAA, BB, AAAA y AAAB con un valor calculado de PhiTP de 0,06 con una probabilidad P 0,006, se muestra una moderada diferenciación genética de las especies de bananas, utilizando los genomas, esta proximidad se debe posiblemente a que todas las baanas provienen del cruce de Musa acumunata y Musa balbisiana

Abstract: In Colombia the cultivation of bananas is very important in the Urabá region and the Middle Magdalena, for this activity, the country receives US $ 757.3 million which represents 0.4% of GDP. CORPOICA has a total of 188 accessions of bananas in field collection and 164 accessions in vitro tissue culture. The genetic relationship between bananas has been studied using different molecular methods among them are the RAPD and SRAP, AFLP and ISSR using. There have been studies comparing the use of micro satellite markers and morphological characteristics estimating the genetic relationship between cultivars of banana. There have been major studies in bananas with the method of micro Randomly Amplified Satellites. In 1996 it was described the use of Randomly Contenido IX Amplified Microsatellites (RAMS) as a universal method for studying genetic variation n fungal species and now is used in the study for plant. In this technique, a single 5’- degenerate ‘universal’ PCR primer targets the intrinsic microsatellite repeats and the DNA between the distal ends of two closely positioned microsatellite regions is amplified, resulting in species-specific amplicon patterns after gel electrophoretic separation. The RAMS markers are very important as a result of the high level of polymorphism, dominant nature and ease of application and high reproducibility. With the advance of genetic engineering in the isolation, sequencing and gene transfer, the establishment of large gene banks for preservation is required. In Colombia 70% of plant accessions in ex situ conditions of domestic banks are preserved in CORPOICA. In this study 93 varieties of bananas from the collection of CORPOICA was molecularly characterized in the molecular laboratory of the Colombian National University. Using RAMS (Ramdomly Amplified Microsatellites) technique. The analysis was performed over 72 polymorphic loci with five primers CA, AG, CGA, CT and TG. AMOVA molecular variance did not show significant differences between 6 populations of bananas using the genomes AA, AAB, AAA, BB, AAAA, y AAAB, with a calculated value of 0.06 PhiTP with P 0.006 probability, a moderate genetic differentiation of species of bananas shown using genomes, this proximity is may be because that all bananas come from crossing Musa balbisiana and Musa acumunata.