Objetivo Estimar el exceso de costos de la infección de vías urinarias asociada al uso de catéter y las intervenciones clínicas que más influyen en los costos.Métodos Se realizó un estudio de cohortes pareadas por tiempo de aparición del evento nosocomial. Los expuestos fueron pacientes con infección de vías urinarias asociada a catéter, y los no expuestos, pacientes sin infección nosocomial, con diagnóstico de ingreso similar al expuesto. En las dos cohortes se evaluaron los costos directos de atención hospitalaria.Resultados El exceso de costo total de atención de una Infección de vías urinarias asociada a catéter fue de $ 2 460 168 pesos colombianos para 2009. El mayor porcentaje fue atribuido a los días de hospitalización en sala general con un 71,8 %, las valoraciones diarias contribuyeron con el 19,1 %, siguieron los antibióticos con un 6 %, los hemocultivos 5 %, los gases arteriales 2 %, los restantes contribuyeron con menos del 1 % cada uno.Discusión Se obtuvo un costo más cercano al real, usando variables como ecografía, gases arteriales entre otras, no usadas en estudios previos, además de las variables frecuentes como días de estancia hospitalaria, y consumo de antibióticos. En nuestro conocimiento este es el primer estudio de micro costos de infecciones nosocomiales que se ha realizado en el país, usando como diseño una cohorte.Conclusión Se encontró que una infección de vías urinarias no asociada a catéter tiene un exceso de costos directo de $2 460 168,9 pesos (1 329 dólares de 2009).