A nivel mundial, según la WHO y la UNICEF para el 2015 cerca de 844 millones de personas no tenían acceso a ningún servicio básico del agua. Adicionalmente, también se estima que más 2 billones de personas, la mayoría habitantes de zonas rurales, no tienen servicios de agua potable gestionados de forma segura. En el caso de las zonas rurales de Colombia, cerca del 40% presentó riesgo alto de calidad del agua. Lo anterior se debe en parte, como se describe en esta investigación, por la implementación no sostenible de alternativas no adecuadas, con poco conocimiento de las zonas rurales y la falta de participación de las comunidades. Por lo tanto, es necesario que el proceso de toma de decisión se observe desde un contexto local, se incluya la participación comunitaria y tenga un enfoque holístico para garantizar la sostenibilidad del servicio del agua rural. Esta tesis de investigación propone el desarrollo de una metodología de priorización y diferenciación que permita identificar la mejor alternativa sostenible de proyectos de aprovisionamiento de agua en una zona rural colombiana. Para el caso de estudio, la aplicación de la metodología propuesta se realiza en comunidades indígenas de la Quebrada Yahuarcaca en el Amazonas colombiano: San Pedro, San Juan, San Antonio y San Sebastián. Primero, desde una mirada local, se establece la contextualización de la zona de la estudio, luego se escoge el marco de la sostenibilidad que resulta ser particular en cada caso y posteriormente se realiza la caracterización de la zona con herramientas cualitativas y cuantitativas, donde la comunidad participa en la toma de decisiones a través de talleres de cartografía social. Después, se procede a diseñar los objetivos; seleccionar los criterios e indicadores más estratégicos con un enfoque holístico; seleccionar las alternativas más acordes al contexto rural; y aplicar el modelo ANP para la priorización de la alternativa. Para dar aplicación a la priorización, se seleccionó a la comunidad de San Juan. Los indicadores con mayor puntaje fueron la aceptación social del proyecto y la facilidad a la participación local debido a la fuerte asignación al peso del criterio social como lo establecía el marco de sostenibilidad. Mientras tanto, de las cinco alternativas tecnológicas propuestas, el mayor puntaje lo obtuvo la planta compacta de potabilización por encima del proyecto de post-construcción ya implementado en la zona de estudio. Finalmente, con el análisis de sensibilidad se cambiaron las asignaciones de pesos a nivel de clúster, demostrando la robustez y la sostenibilidad de la planta compacta en los criterios ambientales y tecnológicos.Abstract: In the world, according to WHO and UNICEF for 2015 around 844 million people did not have access to any basic water service. Also, it is estimated that more than 2 billion people, mostly people of rural areas, do not have drinking water security services. In the case of rural areas of Colombia, around 40% presented a high risk of water quality. This is due to the unsustainable implementation of inappropriate alternatives, with little knowledge of rural areas and the low participation of communities, as described in this research. Therefore, it is necessary that the decision-making process is observed from a local context, include the community participation and have a holistic approach to ensure the sustainability of rural water service. This research thesis proposes the development of a methodology of prioritization and differentiation that allows identifying the best sustainable alternative of water supply projects in a rural Colombian area. For the case study, the application of the proposed methodology is developed in indigenous communities of the Quebrada Yahuarcaca in the Colombian Amazon: San Pedro, San Juan, San Antonio and San Sebastián. First, from a local perspective, the contextualization of the study area is established. Then, the sustainability framework is chosen and it depends on the particular case. After, the characterization of the area is developed with qualitative and quantitative tools, where the community participates in making decisions through social cartography workshops. Later, it is proceed to design the objectives; to select the most strategic criteria and indicators with a holistic approach; to select the alternatives most suited to the rural context; and to apply the ANP model for the prioritization of the alternative. The community of San Juan was selected for the prioritization. The indicators with the highest score were the social acceptance of the project and the ease of local participation due to the strong allocation to the weight of the social criterion as established by the sustainability framework. Meanwhile, of the five technological alternatives proposed, the highest score was obtained by the compact potabilization plant above the post-construction project already implemented in the study area. Finally, with the sensitivity analysis, the weight assignments were changed at the cluster level, demonstrating the robustness and sustainability of the compact plant in the environmental and technological criteria