El presente trabajo expone la higienización de las escuelas y del sistema escolar en Colombia a finales del siglo XIX, desde la Regeneración, hasta los años cuarenta del siglo XX, cuando comienza una nueva etapa con la creación del Ministerio de Salud Pública. Este tema marcó un hito histórico en el que intervinieron diversos sujetos, a partir del cual se transformaron instituciones y leyes –en el campo médico y pedagógico–, al configurar una manera distinta de vivir el espacio escolar y un cambio en la forma de percibir a las personas, las relaciones, los cuerpos y la vida material de los que allí habitaban.Intervinieron en este proceso elementos de la medicina, la higiene, la pedagogía, la historia, la arquitectura y las leyes. Éstos fueron aportados por amplias y variadas fuentes bibliográficas y de archivo, que constituyeron un gran aporte para la investigación, como es el caso de los informes de inspectores de higiene, los informes de médicos escolares, la correspondencia del Ministerio de Instrucción Pública y las Juntas de Higiene, los informes de los directores de las colonias escolares de vacaciones, las leyes, el Boletín de Instrucción Pública, varios textos teóricos, entre otros. A partir de dichas fuentes, se pudieron analizar distintas teorías, que enmarcaron los conceptos de higiene, medicalización, normal y anormal e infancia, enseñanza, escuela y educación; concepciones que dieron mayor solidez a la investigación y facilitaron la comprensión de las dinámicas implicadas en la aplicación de los principios higiénicos en las escuelas colombianas a finales del siglo XIX y la primera mitad del siglo XX, en el marco del fortalecimiento del Estado.Abstract: The present work exposes the sanitation of schools and the school system in Colombia in the late nineteenth century, from Regeneration, until the 1940s, when a new stage begins with the creation of the Ministry of Public Health. This theme marks a historical milestone in which various subjects intervene, and from which institutions and laws are transformed, in the medical and pedagogical field, by configuring a different way of living the school space and a change in the way of perceiving the People, relationships, bodies and the material life of those who lived there. Elements of medicine, hygiene, pedagogy, history, architecture and laws intervene in this process. These elements were contributed by a wide and varied bibliographical and archival sources, which were a great contribution to the investigation, such as the reports of health inspectors, reports from school doctors, correspondence from the Ministry of Public Instruction and the Hygiene Boards, reports of school holiday camp directors, laws, the Bulletin of Public Instruction and various theoretical texts, among others. From these sources, it was possible to analyze different theories, which frame the concepts of hygiene, medicalization, normal and abnormal and childhood, conceptions that gave greater solidity to the investigation and facilitated the understanding of the dynamics involved in the application of hygienic principles in Colombian schools at the end of the 19th century and the first half of the 20th century in the framework of the strengthening of the State