El cultivo de la soya (Glycine max (L) Merril), en oxisoles de la Orinoquia colombiana presenta restricciones por la alta saturación de aluminio y en general, baja CIC y MO, que afectan la fijación biológica del N y el crecimiento normal de las plantas. La respuesta diferencial de variedades de soya a la inoculación con diferentes cepas de B. japonicum, se determinó mediante la evaluación de seis genotipos inoculados individualmente con las cepas ICA J-01, J-96, J-98, la mezcla de J-01 con J-96 y un control con 150 kg. de N. h-1, en ocho ambientes. El mayor número y peso seco total de nódulos se presentó con la cepa J-96, seguida por la J-98 que aportaron entre 93 y 92% del N requerido. La cepa J-01 obtuvo la menor fijación de N, supliendo el 84% del N requerido. El rendimiento de grano varió a través de ambientes y estuvo influenciado por el tipo de cepa y variedad de soya. Los efectos principales de variedad x cepa (CP1) del modelo SREG, fueron alta y positivamente correlacionados con rendimiento de grano (r=0,97; P0.01). Las variedades más estables y productivas fueron Corpoica Superior 6 y Orinoquia 3 con la cepa J-96. Se observó una consistente asociación entre el CP1 de ambientes con el balance hídrico (r=0,92; P0.01), en el período R3-R6. El ambiente más discriminante y representativo para procesos de selección fue el C.I La Libertad ubicado en el Piedemonte. Los patrones moleculares de las variedades definidos a partir de microsatélites (SSR) y de cepas, a través de los primers Box-PCR y Eric-PCR, permitieron establecer diferencias genéticas que pueden ser de utilidad para futuros programas de identificación de individuos, estudios poblacionales y selección asistida. Las cepas de B. japonicum J-96 y J-98 se constituyen en nuevas opciones de fijación biológica de nitrógeno altamente efectivas para las variedades de soja, en la Orinoquia colombiana. / Abstract. Soybeans (Glycine max L. Merrill) in oxisoils of the Orinoquia have cropping restriction due to high aluminum saturation, and low CIC and MO that affect the biological N fixation and the normal growth of plants. To establish the differential response of soybean varieties to inoculation with different B. japonicum strains, ware evaluated six genotypes individually inoculated with ICA J-01, J-96, J-98 strains, the mixture of J-01 and J-96 and a control treatment with 150 kg of N.h-1, in eight environments. Strain J-96 presented greater number and total dry weight of nodules followed by the J-98 strain, both strains contributing in 93 and 92% of N required, respectively. The J-01 strain had the lowest fixation of N, with 84% of N requirement. Grain yield varied across environments and was influenced by the strain and soybean variety. The main effects of variety x strain (CP1) of SRGE model were high and positively correlated with grain yield (r = 0.97, P 0.01). The varieties more stable and productive were Corpoica Superior 6 and Orinoquia 3 with J-96 strain. A consistent association was observed between CP1 environments with water balance (r=0.92, P0.01) in the period R3-R6. The environmental most discriminating and representative for selection process was C.I. La Libertad in the Piedemonte. Varietal molecular patterns defined from microsatellite (SSR) and strains patterns derived through Box-PCR and Eric-PCR primers, allowed the establishment of genetic differences that may be useful for future individual identification program, genetic diversity studies and assisted selection. The J-96 and J-98 strains are new options for its high infective capacity and its high biological nitrogen fixation affectivity in soybean varieties in the colombian Orinoquia natural region.