Existen diferentes modelos para explicar cómo la evidencia de la investigación se utiliza en los procesos de formulación de políticas sobre los sistemas de salud. En este artículo argumentamos que los modelos que se desarrollaron desde el contexto clínico, como el de políticas basadas en la evidencia, pueden ser útiles en algunas decisiones políticas. Sin embargo, debido a su “silencio” sobre el contexto político, estos modelos son incompatibles con las decisiones relacionadas con la modificación de los arreglos de los sistemas de salud. Otros modelos, generados desde las ciencias políticas, son más útiles para entender que la investigación es uno solo de los factores que afecta la toma de decisiones y que diferentes tipos de evidencia científica pueden ser utilizados de manera instrumental, conceptual o estratégica en diferentes etapas del proceso de formulación de políticas.