La Evaluación de Impacto Ambiental (EIA) es una herramienta que busca hacer posible el desarrollo de proyectos, obras o actividades de manera armónica con el ambiente del sitio donde se efectúa. Sin embargo en Colombia no existen metodologías claramente definidas para la evaluación y valoración de impactos, y es potestad del evaluador la escogencia de la misma, lo que añade subjetividad a la EIA. Con base en la propuesta de modificación de la metodología cualitativa propuesta por Toro (2009) este trabajo define un marco lógico para la incorporación de la vulnerabilidad de los sistemas biológicos en la EIA como método para reducir la subjetividad de la evaluación y reconocer las particularidades regionales de un país tan biodiverso como Colombia. Se establecen factores ambientales y se desarrollan indicadores prácticos utilizando la información disponible en el Sistema de Información Ambiental (SIA). / Abstrac. The environmental Impact Assessment (EIA) is a management tool with the objective to make possible the develop of projects, construction works or activities in harmony with the environment. However in Colombia does not exist a clearly defined methodology for impact evaluation and assessment. The methodology is choose by the evaluator adding subjectivity to the EIA. This paper defines a logic framework for incorporation of vulnerability of the biological systems based on Toro´s (2009) modification proposal of qualitative methodology as a method for reducing subjectivity in impact assessment, and to validate the regional particularities of a very diverse country as Colombia. It is established environmental factors and practical indicators are develops using the information available in the Environmental Information System of Colombia (SIA).