Este trabajo presenta la simulación del transporte del nitrógeno amoniacal, nitratos, ortofosfatos y oxígeno disuelto en la ciénaga de Ayapel (Córdoba, Colombia), basado en cuatro muestreos realizados entre septiembre de 2004 y marzo de 2005, tanto para condiciones de lluvias como de estiaje. La simulación se realizó mediante el uso de los modelos ELCOM y CAEDYM, el primero simula las condiciones hidrodinámicas del cuerpo de agua y el segundo toma la información obtenida del ELCOM para simular la cadena trófica de la ciénaga de Ayapel. La calibración de los parámetros biogeoquímicos comenzó con la determinación en campo de las especies más importantes fitoplanctónicas de la ciénaga de Ayapel, y de los parámetros biológicos involucrados en el desarrollo celular de estas especies. Luego se inició la calibración de los parámetros químicos que modelan el seguimiento de las variables de estado en el cuerpo de agua, a través de los diferentes procesos donde estos intervienen. Para la calibración se emplearon dos puntos de control con perfiles de concentración de los constituyentes en estudio. Para la validación se usaron otros dos puntos de control con información completa de las variables de estado. Los resultados obtenidos para ambos escenarios reflejan e manera coherente lo reportado en campo.