La mastitis es considerada una enfermedad compleja en la que pueden participar diversos factores. La asociación de variantes ambientales, fisiológicas y de conformación de la ubre con el recuento de células somáticas (Somatic Cell Score – SCS=transformación logarítmica del conteo de células somáticas) como indicador endofenotipico de susceptibilidad a mastitis fue estudiada en un total 382 animales en cuatro sistemas de producción, dos de la raza Hartón del Valle(n=155) y dos de Lucerna(n=227), el recuento de células somáticas se llevó a cabo por un contador automático (Fossomatic 215), igualmente se realizaron análisis de asociación de estas con información referente a la presentación de la enfermedad; de animal se colecto información del sistema de producción, grupo racial, rasgos fisiológicos (número de partos GP y grupo de lactancia GLAC) y de conformación de la ubre (medidos cualitativa y/o cuantitativamente). Para llevar a cabo el análisis de asociación del SCS y los registros históricos de enfermedad con las diferentes variables se utilizó el procedimiento GLM y CATMOD del programa SAS, posteriormente se realizaron pruebas de significancia de medias con la pruebas de Duncan. De las variables estudiadas se encontró que el sistema de producción de leche (P0.05), la raza (P0.05), el GLAC (P0.05) y los rasgos de conformación de la ubre: profundidad, altura y longitud de pezones (P0.01) afectan el SCS; el GP no presento asociación significativa (P0.05) con el SCS mediante GLM. En el análisis de asociación de las variables con la presentación de casos de mastitis, se encontró solamente asociación altamente significativa de GLAC (P0.05). Los hallazgos obtenidos para asociación de GLAC con la presentación histórica de la enfermedad corroboran lo obtenido en GLM para SCS. En este estudio se encontró una asociación altamente significativa (P0.01) entre el valor de SCS y el registro histórico de los animales con respecto a la presentación de la enfermedad, así el SCS es considerado un buen indicador de predisposición a la mastitis. La susceptibilidad a mastitis está asociada con diferentes variables las cuales deben ser tenidas en cuenta para realizar programa eficiente de manejo y selección genética de animales.