Caracterización genómica de las poblaciones de Petiveria alliacea L. y Lippia alba (Mill.) de diferentes departamentos de Colombia utilizando Radseq
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Autores
Tarazona Pulido, Lina Maria
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Español
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Resumen
Las investigaciones sobre la genética de plantas medicinales que pueden ser de interés
por su potencial farmacológico son escazas, se realizó una revisión bibliográfica donde se
destaca el uso de tecnologías Ómicas en la investigación de plantas medicinales en
Colombia, y sobre la información existente de la etnobotánica, genómica, fitocompuestos
y medicina tradicional que se les conoce. Las especies Lippia alba y Petiveria alliacea, son
de interés para el programa GAT por el potencial anticancerígeno que pueden tener, por
lo que es importante conocer su diversidad genética y estructura poblacional. Se
colectaron muestras foliares de 31 individuos de P. alliacea y 17 de L. alba en diferentes
regiones de Colombia. Se extrajo el ADN y se construyeron librerías RADseq utilizando la
enzima de restricción PstI para su secuenciación, posteriormente se siguió un flujo
bioinformático para la canalización de los archivos fasta obtenidos, que permitió identificar
miles de polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) para cada una. Con los cuales se
identificó que en las poblaciones de L. alba existe una variación genética entre poblaciones
de 3.4%, con un FST de 0.062, mientras que P. alliacea tuvo un 75% de variación entre
poblaciones y un FST de 0.747. Adicionalmente los valores de diversidad genética
obtenidos incluyendo valores de Ho y He y el valor r de la prueba de mantel podrían permitir
pensar que los diferentes modos reproductivos que tienen estas especies, así como el
aprovechamiento antropogénico de estas influyeron en la variación genética y la estructura
de la población obtenida. (Texto tomado de la fuente)
Abstract
Research on the genetics of medicinal plants, which may be of interest due to their
pharmacological potential, is scarce. A literature review was conducted highlighting the use
of Omics technologies in medicinal plant research in Colombia, along with existing
information on ethnobotany, genomics, phytochemicals, and traditional medicine
associated with these plants. The species Lippia alba and Petiveria alliacea are of interest
to the GAT program due to their potential anticancer properties, making it important to
understand their genetic diversity and population structure. Leaf samples were collected
from 31 individuals of P. alliacea and 17 of L. alba in different regions of Colombia. DNA
was extracted, and RADseq libraries were constructed using the restriction enzyme PstI
for sequencing. Subsequently, a bioinformatics workflow was followed to process the
obtained fasta files, allowing for the identification of thousands of single nucleotide
polymorphisms (SNPs) for each species. It was identified that in L. alba populations, there
is a genetic variation of 3.4% between populations, with an FST of 0.062, while P. alliacea
exhibited a 75% variation between populations and an FST of 0.747. Additionally, the values
of genetic diversity obtained, including Ho and He values, and the r value of the Mantel
test, could suggest that the different reproductive modes of these species, as well as their
anthropogenic exploitation, influenced the genetic variation and population structure
observed.
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