Mapeo genético asociativo de caracteres agronómicos en accesiones de yuca (Manihot esculenta Crantz)
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Autores
Marín Lenis, Diana Victoria
Tipo de contenido
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Español
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Resumen
La biotecnología cumple un papel de gran importancia en el mejoramiento de cultivos, para
Manihot esculenta comúnmente conocida como yuca, los avances en mejoramiento
genético en plantas han ido incrementando, a la fecha, se han realizado estudios de
asociación de genoma completo (GWAS), para caracterizar la diversidad fenotípica
del germoplasma con respecto a varios caracteres agronómicos. Por ello y
basándose en estudios anteriores el objetivo de esta investigación fue identificar
marcadores tipo SNPs (Polimorfismo puntual o variación en la secuencia de DNA)
asociados a características de interés agronómico como porcentaje de materia seca
gravimétrica (%MSG), tipo de planta (EP) y rendimiento t/ha (Rend) en un panel de
399 accesiones de yuca. Los datos fueron analizados a través de la metodología
GWAS, el control de calidad de los datos se llevó a cabo utilizando GAPIT mediante
el paquete lme4 en el software R. 4. Se identificaron 9 SNPs en rendimiento, 19 en
porcentaje de materia seca, y ningún SNPs para tipo de planta, cada SNPs fue
anotado e investigado en cada una de las plataformas bioinformáticas (NCBI,
Panther, gramene, Uniprot, Interpro y Phytozome) para correlacionarlos
directamente con los genes y proteínas codificantes, para posteriormente
relacionarlas con las características de interés agronómico y más adelanté ser
tenidas en cuenta en futuras investigaciones y proyectos en los programas de
mejoramiento del programa de yuca en CIAT. (Texto tomado de la fuente)
Abstract
Biotechnology plays a crucial role in crop improvement, particularly for Manihot esculenta,
commonly known as cassava. Advances in genetic improvement in plants have been
steadily increasing. To date, genome-wide association studies (GWAS) have been
conducted to characterize the phenotypic diversity of germplasm associated with various
agronomic traits. Therefore, building on previous studies, the objective of this research was
to identify Single Nucleotide Polymorphism (SNP) markers associated with agronomically
significant traits such as dry matter content, plant type (EP), and yield in a panel of 399
cassava accessions.
Data were analyzed through GWAS methodology, and data quality control was performed
using GAPIT through the lme4 package in R software. Nine SNPs were identified for yield,
nineteen for dry matter percentage, and no SNPs for plant type. Each SNP was annotated
and investigated using various bioinformatics platforms (NCBI, Panther, Gramene, Uniprot,
Interpro, and Phytozome) o directly correlate them with the coding genes and proteins.
Subsequently, these correlations were linked to the agronomically significant traits and will
be considered in future research and projects within the cassava improvement programs at
CIAT.
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Descripción
Ilustraciones, fotografías, tablas