El presente estudio está dirigido a cuantificar en términos monetarios la magnitud del impacto causado por la contaminación de la cuenca del rio San Juan, sobre la salud humana. En el trabajo se presentan las características generales de la cuenca ubicada en el suroeste antioqueño; se desarrolla una metodología para valorar en términos monetarios la pérdida de bienestar que experimentan los pobladores de la zona, al incurrir en costos asociados a los tratamientos médicos, incapacidades laborales y pérdidas de escolaridad. Al efectuar la valoración económica se encontró que los municipios más afectados al asumir los costos incurridos por enfermedades de origen hídrico son: Andes y Ciudad Bolívar, con un gasto aproximado de 224 y 96 millones de pesos durante el período 2000-2001./ Abstract.This study aims to quantify in monetary terms the magnitude of the impact caused by contamination of the San Juan River Basin, on human health. The paper presents the general characteristics of the watershed located in southwestern Antioquia, is developing a methodology to value in monetary terms the welfare loss experienced by residents of the area, incurring costs associated with medical treatment, absence from work and loss of schooling. In conducting the economic assessment found that the most affected municipalities to bear the costs incurred by water-borne diseases are: Andes and Ciudad Bolivar, spending approximately 224 and 96 million pesos during the period 2000-2001