Caracterización de mecanismos de resistencia a ceftazidima/avibactam (CAZ/AVI) en aislamientos clínicos de Enterobacterales y Pseudomonas spp. de una institución de salud de tercer nivel de complejidad de Bogotá D.C.
Cargando...
Autores
Tipo de contenido
Editor
Document language:
Español
Fecha
Título de la revista
ISSN de la revista
Título del volumen
Documentos PDF
Resumen
Ceftazidime/avibactam (CAZ/AVI) es una de las últimas opciones terapéuticas contra aislamientos productores de serin-carbapenemasas. Aunque su comercialización en Colombia fue aprobada en 2018, en Bogotá la resistencia a CAZ/AVI alcanzó el 39,8% en 2023. El objetivo de este estudio fue caracterizar los mecanismos de resistencia a CAZ/AVI en aislamientos de Enterobacterales y Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) mediante
secuenciación de segunda y tercera generación.
Se incluyeron 67 aislamientos obtenidos entre 2021 y 2023 en una institución de salud de tercer nivel en Bogotá, Colombia. La resistencia a CAZ/AVI se confirmó mediante E-test, la detección de metalo-β-lactamasas por sinergia con EDTA y la identificación de genes de carbapenemasas (KPC, GES, VIM, NDM e IMP) por PCR. Se seleccionaron 5 de 67 aislamientos como los más representativos para secuenciación genómica, considerando como criterios principales: valores elevados de CMI >256 µg/mL, con el fin de priorizar fenotipos de alta resistencia y diversidad de mecanismos de resistencia, incluyendo aislamientos con presencia de una carbapenemasas tipo serina o ausencia de genes de carbapanemasas, de los cuales tres aislamentos de P. aeruginosa fueron secuenciados con MinION (Oxford Nanopore®), y dos aislamientos uno de Enterobacter cloacae (E.cloacae) y otro de Enterobacter hormaechei (E. hormaechei) fueron secuenciados con Illumina ® y MinION (Oxford Nanopore®). Los marcos abiertos de lectura se anotaron con Prokka 1.14.6, los genes de resistencia se identificaron con ResFinder y CARD, los elementos genéticos móviles con PlasmidFinder e ISFinder.
Entre los hallazgos más relevantes se destaca la detección de blaKPC-71, por primera vez en América, movilizado en un NTEKPC-IIg en un aislamiento de P. aeruginosa. Además, en los otros tres aislamientos de P.aeruginosa se identificaron mutaciones en los reguladores transcripcionales negativos de la bomba de eflujo MexAB-OprM, específicamente en nalC (G34D, G71E, E153Q, S209R) y mexR (V126E). En el aislamiento de E. cloacae se detectó el gen blaKPC-33, y en E. hormaechei se hallaron mutaciones en la bomba de eflujo AcrAB-TolC (acrA S232N, acrB V278I/N205S, ramA V64A y tolC A203V/F463L).
Nuestros resultados sugieren que la resistencia a CAZ-AVI puede estar mediada por una combinación de mecanismos intrínsecos y adquiridos, resaltando la importancia de la vigilancia genómica para implementar medidas de control que limiten su diseminación. (Texto tomado de la fuente)
Abstract
Ceftazidime/avibactam (CAZ/AVI) is one of the last therapeutic options against isolates producing serine carbapenemases. Although its use was approved in Colombia in 2018, resistance to CAZ/AVI in Bogotá reached 39.8% in 2023. The aim of this study was to characterize the mechanisms of resistance to CAZ/AVI in Enterobacterales and Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) isolates using both second- and third-generation
sequencing technologies.
A total of 67 isolates collected between 2021 and 2023 from a tertiary-care hospital in Bogotá, Colombia, were included. Resistance to CAZ/AVI was confirmed by E-test, detection of metallo-β-lactamases through EDTA synergy testing, and identification of carbapenemase genes (KPC, GES, VIM, NDM, and IMP) by PCR. Five out of the 67 isolates were selected as the most representative for whole-genome sequencing based on key criteria, including high MIC values (>256 µg/mL), prioritizing highly resistant phenotypes and diversity of resistance mechanisms. This selection included isolates harboring serine carbapenemases as well as those lacking carbapenemase genes. Among them, three P. aeruginosa isolates were sequenced using MinION (Oxford Nanopore®), while two isolates—one Enterobacter cloacae (E. cloacae) and one Enterobacter hormaechei (E. hormaechei)—were sequenced using both Illumina® and MinION (Oxford Nanopore®) platforms. Open reading frames were annotated using Prokka v1.14.6, resistance genes were identified with ResFinder and CARD, and mobile genetic elements were analyzed using PlasmidFinder and ISFinder.
Among the most relevant findings, the detection of blaKPC-71 is particularly noteworthy, as this is the first report in the Americas, mobilized within an NTEKPC-IIg element in a P. aeruginosa isolate. Additionally, in the other three P. aeruginosa isolates, mutations were identified in negative transcriptional regulators of the MexAB-OprM efflux pump, specifically in nalC (G34D, G71E, E153Q, S209R) and mexR (V126E). In the E. cloacae isolate, the blaKPC-33 gene was detected, while in E. hormaechei, mutations were found in the AcrAB-TolC efflux pump system (acrA S232N, acrB V278I/N205S, ramA V64A, and tolC A203V/F463L).
Our results suggest that resistance to CAZ/AVI may be mediated by a combination of intrinsic and acquired mechanisms, highlighting the importance of genomic surveillance to support the implementation of control strategies aimed at limiting its spread.
Descripción
ilustraciones a color, diagramas, tablas