El cultivo del café representa uno de los productos agrícolas de mayor importancia en la economía de muchos países alrededor del mundo. La transferencia e introgresión de genes de resistencia para obtener líneas mejoradas se ha llevado a cabo, a partir del uso del Híbrido de Timor el cual se ha establecido como la principal fuente de introgresión por contener genes provenientes de C. canephora los cuales confieren resistencia. En las plantas los genes R conforman la base genética del modelo de resistencia gen por gen, la similitud en secuencias de la mayoría de estos genes ha permitido la identificación de genes análogos en varias especies de plantas. A través de estrategias moleculares basadas en PCR (AFLPs, AFLP-RGA, SSR, SSR-RGA y RGAs) se identificaron más de 60 marcadores asociados al fenómeno de la introgresión y en particular 11 ligados a genes involucrados en la resistencia de la planta a patógenos, estos marcadores serán evaluados para su posible implementación en el programa de mejoramiento genético en una estrategia de selección asistida por marcadores MAS (Marker-Assited Selection)./ Abstract. Coffee is one of the most important agricultural products in the economy of many producing countries around the world. The transfer and introgression of resistance genes for breeding lines has made using the Timor Hybrid which has established itself as the main source of introgression because it contains genes from C. canephora which confer resistance. In plants R genes conform the genetic basis of resistance model gene by gene, the sequence similarity of most of these genes has allowed the identification of similar genes in several plant species. Through PCR-based molecular approaches (AFLP, AFLP-RGA, SSR, SSR-RGA and RGAs) were identified more tan 60 markers associated with the phenomenon of introgression and 11 of these linked to genes involved in plant resistance to pathogens, these markers will be evaluated for posible implementation in the breeding program on a strategy of marker-assisted selection (MAS)