Búsqueda de marcadores genómicos y lipídicos de Mycobacterium colombiense, una micobacteria potencialmente virulenta perteneciente al complejo MAC

Abstract

En el presente estudio se desarrolló un ensayo para la identificación específica de Mycobacterium colombiense mediante PCR. Además se estudió el perfil glicolipídico de la envoltura de esta nueva especie con el fin de identificar marcadores lipídicos con potencial utilidad para su diferenciación de las demás especies del complejo Mycobacterium avium (MAC). Mycobacterium colombiense es un nuevo miembro del complejo MAC, responsable de infecciones diseminadas en pacientes VIH positivos en Colombia, así como también casos de linfoadenopatias en niños en Europa. A través de la técnica de amplificación aleatoria de polimorfismos de ADN por PCR (RAPD – PCR) se identificaron 5 fragmentos que amplifican exclusivamente en M. colombiense pero no en M. avium, empleado como control. Los fragmentos diferenciales fueron clonados, secuenciados, y a partir de su análisis bioinformático se identificaron tres secuencias genómicas de M. colombiense que no comparten ninguna identidad con las secuencias depositadas en Genbank y Tuberculist. Basados en las secuencias obtenidas se diseñaron primers para desarrollar una PCR especie específica para la identificación de M. colombiense. En los diferentes ensayos se logró amplificar específicamente un fragmento de 634 pb presente en todas las cepas de M. colombiense, pero no en ninguna de 25 micobacterias diferentes utilizadas como control, que incluyen algunas especies del MAC. El fragmento de 634 pb hace parte de una secuencia que codifica para una proteína hipotética exclusiva de M. colombiense; de la que no se encontró evidencias de su funcionalidad. Adicionalmente se identificaron 2 ácidos micólicos diferenciales y un patrón de Glicopéptidolípidos específico para M. colombiense de utilidad potencial como marcadores lipídicos útiles en la identificación de M. colombiense. / Abstract. In this study it was developed an assay for specific identification of Mycobacterium colombiense by PCR, It was also studied the glycolipid profile of envelope of this new species to identify lipidic markers with potential utility for its differentiation from other members from Mycobacterium avium complex (MAC). Mycobacterium colombiense is a novel MAC member, responsible for disseminated infections in HIV-infected patients in Colombia and lymphadenopathy cases in children from Europe. Through the Random amplified polymorphic DNA technique by PCR (RAPD - PCR) five genomic fragments that amplified exclusively in M. colombiense but not in M. avium were amplified. They were cloned and sequenced. From the bioinformatic analysis three genomics M. colombiense sequences without known identity in the Genbank database and Tuberculist were identified. Based on this sequences it were designed a species specific M. colombiense PCR primers. Through the different trials a 634 bp fragment present in all strains of M. colombiense, but not in any of the 25 mycobacteria tested, including some MAC members was amplified. The 634 bp fragment is part of a sequence that encodes a hypothetical protein specific to M. Colombiense, however from the bioinformatic analysis no evidence of its functionality was found. Additionally, two different mycolic acids and a specific pattern of M. colombiense glicopeptidolípids was identified whose also could be used as lipid markers useful in their identification and differentiation from other MAC members.