La infección por Chlamydia trachomatis es la infección de transmisión sexual más frecuente en el mundo, esta infección puede llevar al desarrollo de complicaciones y secuelas en la mujer. Existen dos alternativas de diagnóstico: sindrómico (cervicitis uterina) y etiológico.Se realizó una evaluación económica de costo efectividad desde el punto de vista del tercer pagador para determinar la razón de costo efectividad incremental de las dos alternativas de diagnóstico y tratamiento en términos de secuelas evitadas.Se encontró que el manejo por pruebas rápidas es menos costoso y más efectivo comparado con el sindrómico en términos de prevención de infertilidad en mujeres con infección por CT. En el caso de dolor pélvico crónico y embarazo ectópico, el manejo por pruebas rápidas es más costoso y más efectivo comparado con el manejo sindrómico, la dominancia cambia cuando aumenta la sensibilidad de las pruebas diagnósticas. Sería relevante determinar la efectividad de las pruebas en muestras de diferente origen lo cual parece aumentar la sensibilidad.