Identificación de los cambios en los perfiles de metilación de DNA y de expresión génica, asociados a la respuesta clínica al tratamiento quimioterapéutico en pacientes pediátricos con leucemia linfoide aguda tipo B

Abstract

Las leucemias linfoides agudas de células B (LLA-B) son las enfermedades neoplásicas más comunes en niños. Las tasas de supervivencia en la población pediátrica hispana son más bajas en comparación con la supervivencia en niños no hispanos. Por tanto, es necesario encontrar biomarcadores predictivos de respuesta al tratamiento y de pronóstico de recaída y muerte en esta población. El objetivo de este estudio fue identificar biomarcadores de respuesta al tratamiento de inducción, que también pudiesen predecir la recaída y la muerte, a través de la identificación de genes diferencialmente metilados y expresados entre pacientes que respondieron o no a la quimioterapia de inducción. Se extrajeron muestras de DNA y RNA de 46 muestras de médula ósea de niños hispanos recién diagnosticados con LLA-B. Treinta y dos muestras fueron utilizadas como cohorte descriptiva (27 de diagnóstico y 5 post quimioterapia), en la cual se hicieron los análisis de secuencia de RNA y metilación de DNA para elegir los genes candidatos a biomarcadores de respuesta al tratamiento. Por su parte, 18 muestras se utilizaron para validar el set de genes seleccionados del anterior análisis. El mRNA fue secuenciado en el equipo NextSeq500 de Illumina. El DNA fue previamente tratado con bisulfito de sodio y posteriormente se hibridó a los chips de metilación Illumina Infinium EPIC. Los análisis de expresión y metilación diferencial se hicieron a través de la comparación de los perfiles entre respondedores y no respondedores al día 15, al final de la quimioterapia de inducción. Se encontró que DAPK1, CNKSR3, MIR4435-HG2, CTHRC1, NPDC1, SLC45A3, ITGA6 y ASCL2 se sobreexpresaban en los pacientes no respondedores, y también se evidenció que tenían CpGs hipometiladas, dichos hallazgos fueron comunes en todos los grupos analizados. Se hicieron análisis de regresión logística y curvas ROC, se determinó que la sobreexpresión de MIR4435-2HG, DAPK1, ASCL2, SCL45A3, CNKSR3 y NPDC1 puede predecir la falla en la respuesta al día 15 y la refractariedad. Además, con alta sensibilidad y especificidad se evidenció que una mayor expresión de MIR4435-2HG aumenta la probabilidad de falla terapéutica y el riesgo de fallecer. A su vez, se observó que DAPK1, CNKSR3 y MIR4435-2HG también se sobreexpresan en muestras de recaída. Finalmente, la sobreexpresión de MIR4435-2HG en conjunto con la detección de la enfermedad mínima residual positiva se asocian con una menor supervivencia, y la alta expresión de MIR4435-2HG, DAPK1 y ASCL2 mejoran la clasificación de riesgo de los pacientes con cariotipo normal. En conclusión, en este estudio se observó que la expresión de MIR4435-2HG es un potencial biomarcador predictivo y pronóstico en niños hispanos con LLA-B, y su detección en el momento del diagnóstico podría mejorar las tasas de supervivencia en nuestros pacientes. (Texto tomado de la fuente)

Aunque las tasas de supervivencia de la leucemia linfoblástica aguda de células B (LLAB) han mejorado en los últimos años, los niños hispanos siguen teniendo peores tasas de supervivencia. El objetivo de este proyecto fue identificar biomarcadores de respuesta al tratamiento, que también pueden predecir la recaída y la muerte, mediante la identificación de genes metilados y expresados diferencialmente entre los pacientes que respondieron o no respondieron al tratamiento de inducción. Se realizaron ensayos de metilación de DNA y secuenciación de mRNA en 27 médulas óseas de niños hispanos con LLA-B. Se compararon la expresión génica y la metilación diferencial entre los pacientes que respondieron y los que no respondieron el día 15 y al final de la quimioterapia de inducción. DAPK1, CNKSR3, MIR4435-HG2, CTHRC1, NPDC1, SLC45A3, ITGA6 y ASCL2 estaban sobreexpresados e hipometilados en los pacientes no respondedores. La sobreexpresión de DAPK1, ASCL2, SCL45A3, NPDC1 e ITGA6 puede predecir la falla de respuesta al día 15 y la refractariedad. Además, una mayor expresión de MIR4435-2HG aumenta la probabilidad de no respuesta, muerte y riesgo de muerte. MIR4435-2HG también se sobreexpresa en muestras de recaída. Por último, la sobreexpresión de MIR4435-2HG, junto con la enfermedad mínima residual positiva, se asocian a una peor supervivencia, y junto con la sobreexpresión de DAPK1 y ASCL2, podría mejorar la clasificación del riesgo de los pacientes con cariotipo normal. MIR4435-2HG es un biomarcador predictivo potencial en niños con LLA-B