Maestría en Ciencias - Biología

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Caracterización fisiológica, fisicoquímica y espectral de frutos de cacao establecidos en sistemas agroforestales en el departamento del Tolima
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Romero Gómez, Angie Nathalia; Melgarejo Muñoz, Luz Marina; Ramirez Gil, Joaquin Guillermo; Romero Gómez, Angie Nathalia [0001721038]; Melgarejo Muñoz, Luz Marina [0000009458]; Ramírez Gil, Joaquín Guillermo [0001476544]; Fisiología del Estrés y Biodiversidad en Plantas y Microorganismos
Los sistemas agroforestales (SAF) de cacao del sur del Tolima presentan una alta variabilidad estructural, productiva y fitosanitaria, impulsada por la diversidad genotípica local, las prácticas de manejo y el nivel de sombra. Este estudio caracterizó atributos fisiológicos, fisicoquímicos, bioquímicos y espectrales del cacao en distintos estados de madurez, con el fin de identificar parámetros predictivos de la calidad del grano. Se evaluaron seis parcelas SAF de 0,1 ha (580 árboles: 464 de árboles de cacao y 116 árboles de sombrío). Se midieron variables dasométricas, productivas y sanitarias, y se realizó monitoreo del dosel con índices derivados de Sentinel-2 (EVI, GNDVI, LAI, NDVI y NDWI). A nivel de fruto, las mazorcas se perfilaron en atributos morfométricos, colorimétricos, bioquímicos y espectrales. La altura del cacaotal, el DAP, los índices de vegetación (GNDVI, LAI, NDWI, EVI), la riqueza, la estructura y el estado sanitario fueron las variables clave para discriminar los SAF y sustentar una caracterización multidimensional del sistema productivo. En pulpa, los azúcares solubles totales promediaron 43,93 mg g⁻¹ (estado maduro), 49,14 mg g⁻¹ (estado pintón) y 59,38 mg g⁻¹ (estado verde). Los sólidos solubles totales promediaron 17,06° Brix (maduro), 13,92° Brix (pintón) y 17,59° Brix (verde). La acidez total titulable fue 1,02 % (maduro), 1,38 % (pintón) y 1,51 % (verde). En contraste, el ácido ascórbico y los fenoles totales no mostraron diferencias significativas entre los estados. Las métricas colorimétricas y espectrales permitieron discriminar objetivamente la madurez. Modelos de gradiente boosting (GBR) predijeron con precisión variables bioquímicas de la pulpa a partir de información espectral en especial VIS y NIR combinada con colorimetría, aportando una herramienta práctica para el seguimiento del desarrollo fisicoquímico en campo y poscosecha. Estos modelos orientan la cosecha cuando se prioriza el uso de pulpa en la cadena de valor y muestran potencial como predictores tempranos de calidad bajo SAF heterogéneos. (Texto tomado de la fuente)
Inferencia genética de linajes y procedencia geográfica de individuos traficados de los géneros Cebus y Aotus y su integración a un protocolo de rehabilitación y liberación
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Jaramillo Castaño, María José; Vargas Ramírez, Mario Alfonso; Soto Calderón, Iván Darío; Jaramillo Castaño, María José [0009000294423452]; Biodiversidad y Conservación Genética
Los monos cariblancos (Cebus spp.) y los monos nocturnos (Aotus spp.) se encuentran entre los primates más traficados y amenazados en Colombia. Su rehabilitación y posterior liberación se ven limitadas por la ausencia de caracteres fenotípicos diagnósticos para diferenciar las especies y por el desconocimiento de su procedencia geográfica original. En este contexto, el objetivo del presente estudio fue desarrollar un protocolo integral de rehabilitación y liberación para primates traficados de los géneros Cebus y Aotus, incorporando herramientas genéticas para la identificación de linajes y la inferencia del origen geográfico más probable. Para ello, se muestrearon 62 ejemplares de Cebus y 22 de Aotus alojados en diferentes centros de fauna del país. A partir de muestras de sangre se amplificaron los genes mitocondriales COX1 y Cytb en Cebus, y el gen COX1 en Aotus. Las secuencias obtenidas se analizaron mediante métodos filogenéticos de Máxima Verosimilitud e Inferencia Bayesiana, utilizando una base de referencia de individuos identificados a nivel de especie. La inferencia del origen geográfico se apoyó en redes de haplotipos TCS y en un análisis bayesiano de estructura poblacional (BAPS), complementados con estimaciones de diferenciación genética (AMOVA y Fst) entre los grupos delimitados. Los individuos traficados de Cebus se agruparon en clados correspondientes a C. leucocephalus (n = 13), C. cesarae (n = 27) y C. versicolor (n = 19), mientras que tres muestras se ubicaron en un clado no descrito del Bajo Cauca. Los subclústeres inferidos por RhierBAPS evidenciaron una estructuración asociada a regiones como el Caribe–cis-Magdalena, el Magdalena Medio, Andes nororientales y el Bagre Antioquia, lo que permitió asignar a los ejemplares traficados a linajes y unidades geográficas. En Aotus, los individuos se agruparon en tres clados principales: A. brumbacki (n = 2), A. lemurinus trans-Magdalena (oriente; n = 3) y un clado que reúne A. griseimembra/A. lemurinus cis-Magdalena (occidente; n = 17). Las secuencias sin localidad conocida pudieron asignarse al grupo de Magdalena-Caribe-Andes el flanco Caribe- occidental, el centro-sur andino y al grupo de la Orinoquía. Con base en estos hallazgos se formuló una guía operativa que integra la información genética al proceso de rehabilitación y liberación, proponiendo lineamientos para la conformación de grupos genéticamente y socialmente compatibles, la realización de evaluaciones comportamentales cuantificables y la selección de sitios de liberación acordes con la procedencia inferida. Asimismo, se plantean estrategias de monitoreo post-liberación orientadas a validar y retroalimentar los procesos de manejo. Este estudio demuestra que la genética de la conservación constituye una herramienta esencial para garantizar una rehabilitación informada, ética y sostenible, fortaleciendo las acciones de conservación de primates neotropicales víctimas del tráfico ilegal y contribuyendo a la consolidación de protocolos basados en evidencia científica en los CAV-R de Colombia. (Texto tomado de la fuente)
Determinación del origen genético de respuestas de supervivencia y crecimiento de setenta genotipos de yuca (Manihot esculenta) a la inoculación con el hongo FMA (Rhizophagus irregularis), en etapa de endurecimiento
(Universidad Nacional de Colombia, 2026-02-10) Medina Lombo, Paola Andrea; Parra Quijano, Mauricio; Sanders, Ian; Biotecnología de Hongos Formadores de Micorrizas Arbusculares
La yuca (Manihot esculenta Crantz) es un cultivo fundamental para la seguridad alimentaria global, y su diversidad genética se conserva principalmente en bancos de germoplasma en ocasiones usando técnicas de cultivo in vitro. Sin embargo, la preservación y propagación eficiente de este recurso enfrenta retos importantes, especialmente durante la fase de aclimatación ex vitro, donde las plantas micropropagadas deben adaptarse a condiciones ambientales externas tras su desarrollo en condiciones controladas de laboratorio. Este estudio evaluó si la inoculación con el hongo formador de micorrizas arbusculares (HFMA) Rhizophagus irregularis mejora la supervivencia y el crecimiento durante la aclimatación ex vitro de 70 genotipos de yuca (Manihot esculenta). Para ello se micropropagaron todos los genotipos simultáneamente; sin embargo, debido a la respuesta diferencial de las variedades al cultivo in vitro, algunas no lograron en el mismo periodo alcanzar el número requerido de plántulas para la evaluación. Por ello, el experimento se organizó en dos cohortes o “siembras”: la primera con genotipos que alcanzaron tempranamente la cantidad de material vegetal necesaria, y la segunda con genotipos de lenta multiplicación in vitro que requirieron un periodo adicional para obtener plántulas suficientes. Durante la fase de aclimatación ex vitro, se evaluó el efecto de la inoculación con HFMA sobre la supervivencia y desarrollo de las plantas. Como resultados relevantes, para la segunda siembra compuesta por genotipos de multiplicación lenta, la inoculación incrementó significativamente la supervivencia (95.2% vs. 9.5% en controles), mientras que en la primera siembra el aumento fue moderado (50.5% vs. 25.2%). Las plantas inoculadas mostraron además mayor eficiencia fotosintética (Fv/Fm) y contenido de clorofila a los 60 días, y un incremento del área foliar a los 120 días. La colonización micorrícica fue significativamente mayor en plantas inoculadas (~77%) respecto a no inoculadas (entre 47 a 63%), lo que indica un potencial establecimiento simbiótico en condiciones de suelo no esterilizado. Esta colonización podría no deberse exclusivamente al hongo inoculado, puesto que habría comunidades nativas que también tendrían la capacidad de colonizar. La confirmación de que el hongo inoculado es el mayor responsable del incremento de la colonización requeriría la aplicación de marcadores moleculares para determinar su proliferación en las raíces. No se encontró correlación directa entre el porcentaje de colonización y variables de crecimiento, lo que sugiere que los beneficios fisiológicos dependen de interacciones complejas entre genotipo, hongo y factores ambientales. Estos resultados destacan la eficacia de Rhizophagus irregularis para mejorar la aclimatación y desempeño de plantas micropropagadas de yuca, especialmente en genotipos que presentan dificultades en la multiplicación in vitro. Además, se subraya la importancia de considerar la variabilidad genética en la respuesta a la inoculación para optimizar protocolos de conservación y producción sostenible de yuca. (Texto tomado de la fuente)
Sistemática de Begonia sección Lepsia (Begoniaceae)
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Granados Zarate, David Esteban; Jara Muñoz, Orlando Adolfo
Begonia (Begoniaceae) es uno de los géneros de angiospermas más diversos, incluyendo más de 2000 especies descritas hasta el momento. Las especies se presentan principalmente en regiones tropicales de América, Asia y África, con centros principales de diversificación en el sudeste asiático y las zonas montañosas del trópico americano, especialmente en los Andes. En Colombia se presentan cerca de 90 especies y 15 secciones del género, principalmente en la zona Andina. El presente trabajo tiene como objetivo revisar la circunscripción y delimitación de las especies de Begonia sección Lepsia, con particular énfasis en Begonia foliosa, especie de amplia distribución y alta variabilidad morfológica, así como establecer sus relaciones filogenéticas y generar un nuevo tratamiento taxonómico. Para esto, además de los métodos tradicionalmente empleados en taxonomía, se aplicaron aproximaciones estadísticas en la resolución del complejo B. foliosa, encontrando que este complejo comprende por lo menos cuatro especies diferentes. La inclusión de caracteres morfológicos no usados en el análisis estadístico, así como la evidencia filogenética, permitieron soportar la presencia de nueve especies diferentes en el complejo B. foliosa. También se propone la sinonimización de Begonia meridensis a Begonia opuliflora con base en evidencia morfológica y filogenética y se esclareció la posición filogenética de Begonia barrigae. Se presenta un tratamiento que eleva el número de especies en la sección de ocho a 14. El estudio de Begonia secc. Lepsia a través de diferentes herramientas permitió entender la diversidad oculta y también dilucidar la alta diversidad a nivel floral hasta ahora poco reconocida. (Texto tomado de la fuente)
Análisis de la aplicación de ácido β-aminobutírico (BABA) en plantas de gulupa (Passiflora edulis f. edulis) sometidas a déficit hídrico
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Soto Estrada, Eduardo Rafael; Alvarez , Fagua; Melgarejo , Luz Marina; Fisiología del Estrés y Biodiversidad en Plantas y Microorganismos
El déficit hídrico afecta en gran medida los procesos fisiológicos de las plantas y, en consecuencia, el rendimiento en los cultivos de abastecimiento que garantizan seguridad alimentaria. Frente a esto se han reportado estudios sobre la capacidad del ácido β-aminobutírico (BABA) de inducir resistencia a diferentes tipos de estrés. La gulupa (Passiflora edulis f. edulis) es una planta trepadora perteneciente a la familia Passifloraceae. Se conoce que frente al déficit hídrico la gulupa presenta una respuesta evasiva con comportamiento isohídrico que le permite mantener su balance hídrico. Considerando esto, el objetivo de la investigación fue determinar los efectos de la aplicación de BABA en la respuesta fisiológica y bioquímica de plantas de gulupa sometidas a déficit hídrico. Para ello se evaluó la conductancia estomática, el contenido relativo de clorofilas, medidas morfofisiológicas, fluorescencia de la clorofila a y el contenido de prolina y azúcares solubles totales, durante el déficit hídrico y la rehidratación. Se encontró que BABA afecta significativamente la transpiración aparente foliar (Eapparent) a los 7 días después de tratamiento DDT reduciéndola en un 77,9%; mientras que el contenido de prolina aumenta 11,2 veces con respecto al control. El tamaño del efecto de BABA, calculado mediante la fórmula de Hedges indica una reducción en la concentración de azúcares solubles totales después de la rehidratación. Los resultados sugieren que existe un efecto de BABA en la regulación estomática y la activación de mecanismos de regulación osmótica en plantas de gulupa sometidas a déficit hídrico. (Texto tomado de la fuente)
Taxonomía integrativa en Glomeridesmus porcellus (Glomeridesmidae) ¿existe una sola especie de “milpiés babosa” en Colombia?
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Reyes Peñata, Liseth Alejandra; García Pinzón, Luis Fernando; Reyes-Peñata, Liseth Alejandra [0009-0007-5401-6445]; Wesener, Thomas; Liseth Alejandra Reyes-Peñata [Liseth-Reyes-Penata]
Glomeridesmus porcellus Gervais & Goudot, 1844 fue la primera especie descrita para Glomeridesmida, lo que la convierte en un punto de referencia en el estudio de esta fauna. Sin embargo, su estudio ha estado limitado por la descripción original, basada únicamente en una hembra y con una localidad tipo imprecisa. Con el fin de superar estas limitaciones, se recolectaron ejemplares en dos localidades reportadas posteriormente para la especie G. porcellus. Se realizaron análisis morfológicos mediante microscopía electrónica de barrido (SEM), junto con un análisis molecular utilizando un fragmento del marcador mitocondrial COI. Los resultados filogenéticos revelaron cuatro agrupamientos principales, correspondientes a la distribución histórica de G. porcellus, además de un linaje adicional proveniente de otra localidad. Por otra parte, el estudio morfológico permitió reconocer tres especies diferenciadas. Con base en estas evidencias, se presenta la redescripción de G. porcellus, con énfasis en la morfología de los telópodos, y se describen dos nuevas especies de Glomeridesmidae, una de ellas perteneciente a un género previamente no descrito. Este trabajo contribuye a actualizar y ampliar el conocimiento sobre la diversidad de Glomeridesmidae en Colombia, ofreciendo un marco más sólido para futuros estudios taxonómicos y biogeográficos del grupo. (Texto tomado de la fuente).
Anatomía ocular en las serpientes dipsadinas (Colubridae, Dipsadinae) y su relación con algunos aspectos de historia natural
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Bravo Gómez Juan Felipe; Rocío Jerez Adriana, Adriana Jerez; Akcali Christopher Kemal, Christopher K. Akcali
El ojo de las serpientes presenta un plan anatómico general compartido con otros vertebrados, pero exhibe modificaciones que reflejan su historia evolutiva y ecológica. La variación en el tamaño del ojo, la escama ocular, la córnea, la lente y la retina se ha asociado con aspectos de historia natural, particularmente el hábitat y la actividad. Sin embargo, esto ha sido poco explorado en la subfamilia Dipsadinae (Colubridae), un linaje diverso y ecológicamente heterogéneo del Neotrópico. Desde esta perspectiva, el objetivo de este trabajo fue analizar la variación anatómica del ojo en serpientes dipsadinas y evaluar su relación con el hábitat y la actividad mediante enfoques anatómicos y comparados evolutivos. Se realizaron descripciones histológicas y análisis morfométricos de rasgos oculares en un conjunto representativo de especies de Dipsadinae, integrados con información de historia natural y filogenética. Estos datos fueron analizados mediante reconstrucciones de estados ancestrales, estimaciones de señal filogenética y análisis estadísticos comparados. Los resultados muestran que, aunque las serpientes dipsadinas comparten un plan anatómico ocular general, existen variaciones en el tamaño del ojo y en la configuración de estructuras internas asociadas con el uso del hábitat y la actividad. A pesar de la presencia de señal filogenética en algunos rasgos, el ambiente emerge como un factor clave en la diversificación fenotípica del ojo. En conjunto, este estudio resalta el papel del ambiente en la evolución del sistema visual y la importancia de integrar aproximaciones anatómicas, ecológicas y evolutivas para comprender la diversidad morfológica en serpientes y otros reptiles escamados. (Texto tomado de la fuente)
RNAs largos no codificantes (lncRNAs) de Passiflora edulis Sims f. edulis involucrados en la respuesta a déficit hídrico
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Rojas Bautista, David Felipe; Sarmiento Salazar, Felipe; Bermudez Santana, Clara Isabel
La respuesta transcripcional frente al déficit hídrico comprende una compleja red de interacciones moduladas de forma específica y temporal. Los lncRNAs son transcritos regulatorios que hacen parte importante de estos procesos, sin embargo, su función en la respuesta al déficit hídrico en Passiflora edulis f. edulis sigue siendo desconocida. Para aportar al conocimiento sobre el papel que los lncRNAs tienen durante la respuesta transcripcional de P. edulis f. edulis se realizaron tres aproximaciones: (1) estudio y caracterización de los lncRNAs a partir del transcriptoma; (2) análisis de su expresión y co- expresión y finalmente (3) validación experimental usando RT-qPCR. En una primera aproximación, se identificó y caracterizó la fracción de lncRNAs en Passiflora edulis f. edulis mediante el procesamiento bioinformático de librerías de RNA-seq. Este análisis se basó en un transcriptoma ensamblado, junto con anotaciones funcionales, estructurales y de elementos repetitivos. La identificación de los lncRNAs se realizó siguiendo criterios relacionados con la longitud de los transcritos, su potencial codificante y su contexto genómico. La caracterización abordó características moleculares, expresión diferencial en tejidos, similitud de secuencia con otros lncRNAs y presencia de elementos transponibles. Esto permitió la identificación de 34.206 lncRNAs, de los cuales 4.176 tienen expresión diferencial en tejidos, 10.212 presentan elementos transponibles dentro de su secuencia, y 821 tienen similitud de secuencia de más del 80% con otros lncRNAs reportados en plantas. Estos lncRNAs tienen una menor expresión en comparación con mRNAs, menor longitud, pero mayor especificidad de tejido según valores TAU. Estos resultados proporcionaron un set robusto de lncRNAs que demuestran la complejidad asociada al paisaje transcripcional no codificante en P. edulis f. edulis y es un insumo importante para posteriores estudios. En una segunda aproximación se evaluó el papel de estos 34.206 lncRNAs en la respuesta a déficit hídrico mediante análisis de expresión diferencial y análisis de redes de co-expresión con mRNAs. Para esto se usaron librerías de RNAseq de muestras en déficit hídrico a los 5 y 10 días, de hojas y raíces. Se obtuvieron 187 lncRNAs diferencialmente expresados en déficit hídrico, con una dinámica transcripcional y de regulación específica por tiempo y tejido. Los análisis de redes de co-expresión permitieron asociar lncRNAs en módulos relacionados con la señalización, modulación de la conductancia estomática, modulación del crecimiento, fotosíntesis y biosíntesis de metabolitos secundarios. El análisis de las regiones promotoras de estos lncRNAs y mRNAs, reveló la presencia de motivos de unión de factores de transcripción relacionados con familias de factores de transcripción involucrados en la respuesta al déficit hídrico, como Dof, ERF/AP2, B3, MIKC_MADS y BBR-BPC. Estos resultados podrían explicar la co-expresión de estos lncRNAs y mRNAs dentro de la respuesta a déficit hídrico. Finalmente, como tercera aproximación, se validó la expresión de lncRNAs y mRNAs de estos módulos mediante RT-qPCR en un nuevo experimento de déficit hídrico y una etapa de rehidratación. Los resultados permiten concluir que los lncRNAs identificados son reguladores putativos que, en conjunto con los mRNAs, hacen parte de las redes transcripcionales de respuesta al déficit hídrico. Estos transcritos se asocian a rasgos importantes dentro de la estrategia de evitación como la regulación sobre transporte de agua y la conductancia estomática. Estos resultados proporcionan información acerca de los mecanismos de respuesta innatos que poseen las plantas para responder al déficit hídrico y se presenta como un insumo para posteriores aproximaciones. (Texto tomado de la fuente)
Relación entre la heterogeneidad ambiental, la composición florística y diversidad de la vegetación leñosa de un bosque andino de arenas blancas en la Cordillera Oriental, Galilea, Tolima-Colombia
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Corrales Bravo, Lina María; González Arango, Catalina; Armenteras Pascual, Dolors; Corrales Bravo, Lina Maria [0001623606]; Corrales Bravo, Lina María [0000-0001-9060-6310]
Los bosques andinos del norte de Sur América se caracterizan por albergar una alta diversidad de especies, donde confluyen complejas historias geológicas, biológicas y antrópicas, donde diferentes grupos taxonómicos han tenido diversas respuestas frente a estos cambios. La orogenia andina ha afectado el clima regional, las condiciones hidrológicas, el ciclo de nutrientes y el ensamblaje de las comunidades vegetales, por lo cual poner a prueba hipótesis relacionadas con la relación positiva entre la diversidad de plantas, la fertilidad de los suelos y la precipitación es relevante. Este trabajo se realizó en el Parque Regional Natural PRN Bosque de Galilea, un bosque andino de arenas blancas ubicado en el flanco occidental de la Cordillera Oriental de Colombia, con un rango altitudinal entre 1471 m y 2247 m, donde se evaluó la composición estructura y diversidad en cinco parcelas de una hectárea cada una, se evaluó la heterogeneidad de las variables climáticas (precipitación, temperatura y humedad) y edáficas (variables texturales y de fertilidad) y se evaluó la relación entre estas variables ambientales y la composición y estructura florística. Adicionalmente, se comparó la similitud entre el Bosque de Galilea y otros bosques de arenas blancas en cuanto a sus condiciones ambientales y características florísticas, descritas anteriormente. Se encontró una baja diversidad alfa (muchos individuos por hectárea representados en pocas especies (134), géneros (75) y familias (44) y un alto recambio de especies en las cinco parcelas establecidas en el bosque de Galilea. Las familias y géneros más diversos y abundantes fueron diferentes entre parcelas. Estructuralmente, también encontramos gran heterogeneidad entre parcelas representada en diferencias en la altura de dosel medio (entre 25 y 35 m) y en la distribución de los diámetros. De manera semejante, se encontró una alta heterogeneidad climática y edáfica en el bosque de Galilea, particularmente entre los horizontes orgánicos (HO) y superficiales (HA) de sus suelos. Estas últimas variables edáficas (HO) resultaron ser las más importantes para explicar la estructura y composición de la vegetación del bosque de Galilea, lo que concuerda con lo registrado anteriormente en otros bosques de arenas blancas de tierras bajas, que se relacionan en general con diversidades locales muy bajas dada la pobreza de nutrientes, la meteorización y la acidez de los de los suelos Al comparar los bosques de Galilea con otros bosques de arenas blancas de tierras bajas y andinos, se encontró un alto recambio de especies entre las regiones, diferencias entre sus variables ambientales, y aunque todos los bosques presentaron altos contenidos de arena, alta acidez y bajas concentraciones de cationes, presentaron diferencias significativas en sus horizontes O y A. Se encontraron 12 géneros de plantas compartidos entre el bosque de Galilea y la Cordillera del Cóndor en Ecuador, a pesar de ser localidades distantes. Se registran algunas características florísticas y edáficas de otros bosques andinos de la Cordillera Oriental, que podrían ser considerados como bosques andinos de arenas blancas. Se reportan dos nuevos registros de distribución de géneros para la cordillera de los Andes, seis especies endémicas, diez nuevos registros de especies, de las cuales dos son especies nuevas. Nuestros resultados muestran una alta heterogeneidad florística y climática entre bosques considerados pobres en nutrientes y especies y se proponen múltiples campos de investigación futura que aporten a comprender la historia biogeográfica de estos bosques andinos de arenas blancas en el contexto de la alta biodiversidad Neotropical. (Texto tomado de la fuente)
Caracterización de la respuesta de Leishmania (Viannia) guyanensis a fármacos de utilidad clínica en el tratamiento de leishmaniasis cutánea mediante herramientas de genómica funcional
(Universidad Nacional de Colombia, 2025-09) Bonilla Valbuena, Liliana Alejandra; Clavijo Ramírez, Carlos Arturo; Urrea Montes, Daniel Alfonso
La leishmaniasis cutánea (LC) es la forma clínica más frecuente de leishmaniasis tegumentaria y constituye un importante problema de salud pública en Colombia. El antimoniato de meglumina (Glucantime®) es la primera opción terapéutica y como segunda línea de tratamiento se emplean la miltefosina y la anfotericina B, siendo esta última utilizada en casos de falla terapéutica o contraindicación para la terapia con derivados del antimonio (Sbv). El presente estudio caracterizó la respuesta de Leishmania (Viannia) guyanensis a fármacos de utilidad clínica en el tratamiento de leishmaniasis cutánea mediante herramientas de genómica estructural y funcional. Se determinaron los perfiles de susceptibilidad a Glucantime® en el estadio amastigote de dos aislados clínicos de L. (V.) guyanensis provenientes de pacientes con LC. Además, se analizaron sus genomas completos para identificar variaciones estructurales (ploidía y variación en el número de copias génicas), con el fin de seleccionar genes candidatos posiblemente asociados a mecanismos de tolerancia a Glucantime®. También se evaluó la susceptibilidad in vitro en promastigotes de líneas knockout de L. (V.) braziliensis con deleciones en los genes que codifican la Latosterol Oxidasa (LO) y la proteína de membrana asociada a vesículas (Vamp), previamente asociados con mecanismos de tolerancia a anfotericina B y miltefosina. Los resultados muestran que existen diferencias estructurales genómicas entre aislados clínicos de L. (V.) guyanensis con diferentes niveles de susceptibilidad a Glucantime®. El análisis de CNVs mostró que el aislado más tolerante presenta variación en número de copias génicas, en genes asociados a tolerancia a Glucantime® (transportador de pteridina, HSP70, transportador ABC), infección y proliferación intracelular (GP63, Amastinas, MIPS, Fosfatasas de proteína serina/treonina). Las líneas knockout de L. (V.) braziliensis en los genes LO y Vamp mostraron una mayor tolerancia in vitro, a los fármacos evaluados en comparación con la cepa de referencia. Lo anterior sugiere posibles relaciones entre las variaciones estructurales genómicas y el fenotipo de tolerancia observado in vitro, lo cual brinda una ruta para elucidar los mecanismos moleculares asociados con la disminución en la susceptibilidad a fármacos de uso clínico en Leishmania. (Texto tomado de la fuente).
Análisis de los microbiomas bacterianos presentes en hojas y hojarasca de cultivos de cacao (Theobroma cacao L.) establecidos en suelos con cadmio natural en el municipio de Yacopí, Cundinamarca
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Torres Parra, Sebastián; Torres Rojas, Esperanza; Barreto Hernández, Emiliano; Agrobiodiversidad y Biotecnología
Los cultivos de cacao pueden verse afectados por su capacidad para acumular metales pesados tóxicos como el cadmio (Cd), presente de forma natural en los suelos. El microbioma bacteriano se ha caracterizado por su utilidad simbiótica para la planta y su capacidad para tolerar e inmovilizar Cd (CdtB), por lo que son de importancia para la biorremediación de Cd; sin embargo, su estructura en componentes clave de la filósfera del cacao, como las hojas y la hojarasca, sigue siendo poco conocida. Por ello, el presente trabajo tuvo como objetivo caracterizar la diversidad taxonómica del microbioma bacteriano presente en la hoja y hojarasca de cultivos de cacao establecidos en suelos con Cd natural, en el municipio de Yacopí, Cundinamarca. Para alcanzar este objetivo, se cuantificaron los niveles de Cd y otros nutrientes, y se recolectaron muestras de ADN de tres fincas con distintos niveles de Cd en el suelo (F1 > 5 mg kg⁻¹; F2 y F3 < 2 mg kg⁻¹), seguido de un análisis metataxonómico del microbioma bacteriano epífito y total a partir de la región V4 del gen 16S y un análisis bioinformático para determinar la estructura y composición de la comunidad mediante QIIME2 y los paquetes phyloseq y microeco de R. Los resultados revelaron una tendencia a menor diversidad alfa de las comunidades en la finca F1 con respecto a F2 y F3. La diversidad beta también evidenció una agrupación importante entre los grupos de hoja y hojarasca (p < 0.001), así como del microbioma total y epífito de la hojarasca (p = 0.013). Se identificaron como filos dominantes a Proteobacteria, Actinobacteria y Myxococcota. Además, se observó un efecto de autocorrelación entre el Cd y nutrientes como el calcio y el hierro (p < 0.05), que podrían influir en la estructura del microbioma junto con el Cd. Géneros como Verrucomicrobium, Gordonia y Arenimonas fueron significativamente enriquecidos a mayores concentraciones de Cd (p < 0.05) y rutas metabólicas como la biosíntesis de poliaminas, diterpenos y ácidos grasos se detectaron en mayor proporción en ambientes de alta contaminación por Cd. Estos hallazgos aportan indicios clave para comprender los mecanismos de tolerancia bacteriana al Cd en la filósfera del cacao, y podrían orientar el diseño de estrategias de manejo más eficientes y sostenibles. (Texto tomado de la fuente).
Cambios en la estructura de la comunidad de peces demersales del caribe continental colombiano asociados al desarrollo de la pesca industrial de arrastre de camarón
(Universidad Nacional de Colombia, 2013-06-01) Caldas Aristizábal, Juan Pablo; García Ramírez, Camilo Bernardo
La pesca de arrastre es reconocida por ser la actividad que más fauna incidental extrae del medio natural. A partir de la información compilada de forma independiente por cruceros científicos en el país, se evaluó el cambio en la estructura de la comunidad de peces demersales del Caribe colombiano, asociado al desarrollo de la pesca industrial de camarón. Se utilizaron indicadores sensibles a los cambios en la comunidad, como la biomasa total, la de grupos con características tróficas específicas, la proporción de especies no comerciales respecto a las comerciales, y las tendencias de las familias de peces demersales más representativas en las capturas de los cruceros científicos. La fauna íctica demersal a lo largo de los cruceros de investigación estuvo compuesta principalmente por las familias Carangidae, Lutjanidae, Sciaenidae, Gerreidae, Haemulidae, Sparidae, Balistidae, Serranidae, Mullidae y Ariidae, las cuales representaron más del 80% de la biomasa de peces en los periodos examinados. Se evidenció un claro descenso en la biomasa promedio de peces demersales desde 1970 hasta la década de 1990. El grupo de tiburones y rayas, así como los jureles (Carangidae) y salmonetes (Mullidae), ilustraron las disminuciones más marcadas, a diferencia de las ballestas (Balistidae) y los peces globo (Diodontidae), que presentaron incrementos en la biomasa a través de los años. Los piscívoros, zooplanctívoros y detritívoros fueron los grupos funcionales más impactados debido a sus claros descensos de biomasa. Se concluyó que la comunidad de peces demersales del Caribe colombiano presentó cambios en su estructura, principalmente en términos de la abundancia de familias y grupos funcionales. (Texto tomado de la fuente).
Genetic assessment of the natural populations of the American Crocodile (Crocodylus acutus) of the Caribbean Region and Magdalena River Basin in Colombia and an ex-situ population
(Universidad Nacional de Colombia, 2025-09-11) Hernández González, Carlos Felipe; Vargas Ramírez, Mario; Hernández González, Carlos Felipe [0000000324881490]; Hernández González, Carlos Felipe [Felipe-Hernandez-Gonzalez]; Biodiversidad y Conservación Genética
El Caimán Aguja (Crocodylus acutus) en Colombia ha experimentado importantes disminuciones en su población debido a la sobreexplotación histórica y la pérdida de hábitat, lo que ha generado la necesidad de estrategias de conservación específicas. Esta tesis presenta un análisis genético integral de las poblaciones silvestres y un programa de reproducción en cautiverio de C. acutus en Colombia para evaluar la diversidad genética, la estructura poblacional y la conectividad, con implicaciones para los esfuerzos de cría en cautiverio y reintroducción. Se analizaron datos genéticos de poblaciones silvestres de diversas regiones clave y de un grupo de individuos parentales del zoocriadero Nelly Sierra & CIA utilizando 14 marcadores microsatélites. Los resultados revelaron que existen al menos ocho grupos genéticamente distintos dentro de Colombia, con un flujo génico mínimo y baja diversidad genética entre las poblaciones. Los tamaños efectivos de la población fueron alarmantemente pequeños (Ne = 2-34), lo que indica un alto riesgo de sufrir los efectos de la deriva génica. El estudio también examinó la composición genética de la población cautiva, la cual mostró una mezcla de dos poblaciones silvestres distintas, lo que resalta preocupaciones sobre la endogamia y la pérdida de diversidad genética. Se desarrolló una herramienta de apoyo a la toma de decisiones para optimizar las estrategias de cría seleccionando cruces óptimos, asegurando que los individuos cautivos mantengan su integridad genética y sean aptos para la reintroducción en sus respectivas poblaciones silvestres. Esta investigación proporciona una base para refinar las unidades de conservación y mejorar la gestión de la cría en cautiverio para potenciar la recuperación de C. acutus en Colombia, garantizando la sostenibilidad genética a largo plazo tanto en el medio natural como en cautiverio. (Texto tomado de la fuente)
Diversidad de macroalgas marinas en las islas-cayos Serranilla y Bajo Nuevo, Reserva de la Biosfera Seaflower, Colombia
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Beltrán Rozo, Tania Liseth; Gavio, Brigitte; Beltrán-Rozo, Tania Liseth [0009000711549209]; Sistemática molecular y biogeografía de algas marinas-SIMBA
La diversidad de macroalgas en la zona norte de la Reserva de Biosfera Seaflower ha sido poco documentada, con registros previos limitados a 86 taxa en las islas de Serranilla y Bajo Nuevo, de los cuales solo 34 y 11 fueron identificados a nivel de especie en Serranilla y Bajo Nuevo, respectivamente. El objetivo de este estudio fue ampliar el conocimiento sobre la riqueza de algas en estas áreas mediante muestreos realizados por buceo SCUBA en Serranilla (2017) y Bajo Nuevo (2021). Se identificaron 207 taxa distribuidos en 4 phyla, 45 familias y 96 géneros. Entre los hallazgos más relevantes, Chrysymenia kaernbachii Grunow constituye un nuevo registro para el Atlántico, 23 especies representan nuevos registros para Colombia y en total 52 especies corresponden a nuevos reportes para la Reserva, incrementando en un 13,3% su diversidad. Además, se establece un inventario base, compilando un total de 175 especies para Serranilla y 135 especies para Bajo Nuevo. Adicionalmente, se identificaron 14 morfotipos sin correspondencia con taxa previamente descritos, lo que sugiere la posible presencia de especies desconocidas para la ciencia. La composición de especies difirio entre localidades, probablemente influenciada por factores ambientales y la escala temporal de los muestreos. Los resultados constituyen a la línea base de riqueza de algas en Serranilla y Bajo Nuevo, evidencian la necesidad de continuar las investigaciones taxonómicas y ecológicas en la zona norte de la Reserva y resaltan el valor de sus ecosistemas como áreas prioritarias para su conservación. (Texto tomado de la fuente).
Exploracion transcriptomica del desarrollo floral en yuca (Manihot esculenta Crantz.)
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Diaz, Cristian Giovanni; López Carrascal, Camilo Ernesto; Diaz, Cristian Giovanni [0009-0008-8210-0561]; Manihot Biotec
La yuca (Manihot esculenta) es un cultivo clave para la seguridad alimentaria en regiones tropicales, pero el desarrollo de variedades mejoradas se ve limitado por su compleja biología reproductiva sexual. La inducción y el desarrollo floral en yuca representan procesos clave, pero poco caracterizados, dificultando los programas de mejoramiento. Este trabajo integró tres enfoques complementarios. Primero, se consolidó el conocimiento sobre vías de señalización en floración, con énfasis en el modelo ABCDE y su aplicabilidad a especies no modelo. Luego, se realizó un metaanálisis transcriptómico sobre seis datasets de RNA-seq para comparar condiciones de floración y no floración, identificando 2347 genes diferencialmente expresados (DEGs), de los cuales 50 están relacionados con floración según la base de datos PlantCFG. Los DEGs variaron según el experimento, indicando rutas alternativas hacia la floración, con participación de vías hormonales, de estrés y factores como FT, GI, WRKY y acuaporinas. Finalmente, se desarrolló un análisis exploratorio del transcriptoma floral mediante la secuenciación de ARN de hojas, flores masculinas y femeninas empleando la metodología de MACE-seq. A pesar de no contar con pruebas estadísticas formales, se observaron patrones coherentes en las transiciones vegetativo- reproductivo, diferencias sexuales y entre estadios florales. Las redes de co-expresión identificaron genes “hub” asociados a transcripción, metabolismo secundario y remodelación de pared celular. Estos resultados ofrecen un panorama global sobre los programas transcripcionales involucrados en floración en yuca y proponen candidatos funcionales para validación futura. (Texto tomado de la fuente)
Construcción de un catálogo nacional de especies en línea. Caso de uso: catálogo de peces de Colombia
(Universidad Nacional de Colombia, 2025-09-08) Buitrago Hernández, Alfred Leonardo; Raz, Lauren; Buitrago Hernández, Alfred Leonardo [0001337034]; Buitrago Hernández, Alfred Leonardo [Rg1NmBkAAAAJ&hl]; Buitrago Hernández, Alfred Leonardo [0000000204594024]; Buitrago Hernández, Alfred Leonardo [Leonardo_Buitrago]
El Catálogo de Peces de Colombia (CPC) representa un hito en la gestión de datos de biodiversidad del país, al integrar estándares taxonómicos internacionales y garantizar la coherencia entre especies de agua dulce y marinas. Al adoptar el estándar Darwin Core y una API REST, el CPC mejora la interoperabilidad de los datos con plataformas nacionales y globales, proporcionando información taxonómica actualizada a diversos actores. Su interfaz fácil de usar permite la actualización en tiempo real de las páginas de especies, lo que facilita una gestión dinámica en comparación con listas estáticas. Aunque es integral en su cobertura, se identifican áreas de mejora, como una mejor documentación de la historia taxonómica, la integración de datos genéticos y una colaboración más sólida con entidades nacionales. Este documento también analiza la gobernanza del CPC, evaluando los roles de los actores clave e implementando métricas de calidad para valorar sus fortalezas y debilidades en comparación con otros catálogos y listas de especies. El CPC se presenta como un modelo para futuras iniciativas de biodiversidad en otros grupos biológicos, destacando la colaboración, la accesibilidad de datos y su papel crucial en los esfuerzos de conservación. (Texto tomado de la fuente)
Respuestas fenotípicas en aves andinas a cambios ambientales operando a escalas de tiempo contemporánea y evolutiva
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Váquiro García, Juan Camilo Di Carlo; Cuervo Maya, Andrés Mauricio; Váquiro-García, Juan Camilo [0000-0002-9481-6945]; ORNIS: Evolución y Ecología de Aves; Váquiro García, Juan Camilo [57428450100]
El fenotipo como expresión visible resultante de la interacción entre la información genética y las condiciones ambientales, se manifiesta en múltiples formas y escenarios, permitiendo explorar la estabilidad y variabilidad de las especies en contextos ecológicos y evolutivos específicos. En este trabajo se evalúan respuestas fenotípicas expresadas a diferentes escalas temporales en aves andinas sometidas a diversas presiones ambientales, las cuales han moldeado la diversidad que conocemos en la actualidad. Por un lado, se analizaron rasgos morfométricos en una comunidad de aves de una misma área ubicada en la cordillera Oriental, separada por 60 años de transformaciones ambientales y paisajísticas. Mediante la implementación de modelos mixtos jerárquicos bayesianos, se identificaron tendencias relevantes como la reducción en la longitud del ala paralela al aumento en la longitud de la cola, junto con otros cambios morfométricos en el pico y el cuerpo, los cuales se relacionan con múltiples presiones y causas potenciales que podrían estar estimulando dichos patrones. Por otro lado, se realizó una evaluación vocal del complejo de subespecies de Synallaxis unirufa y sus especies hermanas Synallaxis fuscorufa y Synallaxis castanea, con el fin de revisar si la estructura vocal del complejo presentaba una divergencia suficiente en comparación con los análisis genéticos previos. Este complejo ha estado expuesto a múltiples cambios topográficos y ambientales que han favorecido el aislamiento entre poblaciones, las cuales, tras millones de años, podrían estar mostrando diferencias contundentes que sugieren la necesidad de una reestructuración taxonómica que la clasificación tradicional no ha permitido visualizar con suficiente detalle.
Diversidad genética y cultural de los cultivares de yuca (Manihot esculenta Crantz) en cuatro resguardos de la Amazonia colombiana.
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Jiménez Maldonado, Andrés David; Soto Sedano, Johana Carolina; Franky Calvo, Carlos Eduardo; Jiménez, Andrés [0000-0002-0974-9048]; Jimenez, Andres [Andres-Jimenez-2]; Manihot Biotec
Esta investigación revela la diversidad genética y cultural de una población de 126 cultivares de yuca (Manihot esculenta Crantz) provenientes de cuatro resguardos indígenas de la Amazonia colombiana y 3 M. esculenta spp. Flabellifolia, provenientes del CIAT. La investigación se realizó junto con los representantes de ocho etnias distribuidas en los resguardos de La Fuga, Andoque de Aduche, Nonuya de Villa Azul y con cabildo indígena CIHTACOYD del resguardo indígena Ticuna-Uitoto Kilometro 6 y 11. Con cada etnia se realizó un diálogo de saberes bidireccional que permitió generar y documentar formas tradicionales de cultivo de la yuca e información etnobotánica relacionada a los cultivares. Además, se realizó un estudio de la diversidad genética de los cultivares de yuca recolectados, describiendo la estructura poblacional e índices de diversidad genética, usando una matriz de 57.410 SNPs obtenidos mediante genotipificación por secuenciación (GBS). Por último, se plantea una discusión sobre la posible correlación entre la estructura genética de la población de yuca estudiada y la información etnobotánica recolectada de los cultivares de yuca en los cuatro resguardos indígenas. Este estudio confirma el papel de la diversidad cultural en la generación, transmisión y conservación de la diversidad biológica en general y de la yuca en particular. Finalmente, se destaca la importancia de conservar la diversidad biológica y cultural de cada uno de estos cultivares, tal como lo han hecho los pueblos indígenas a lo largo del tiempo, reconociendo su valor cultural y el papel que desempeñan en la construcción de identidades (Texto tomado de la fuente).
Análisis de la información evolutiva y de diversidad genómica para un estudio piloto de dispersión de variantes de Delta- y Gammacoronavirus con potencial zoonótico
(Universidad Nacional de Colombia, 2024) Contreras Quesada, Armando Alí; Bermudez Santana, Clara Isabel; Cuervo Maya, Andrés Mauricio; Contreras, Armando [0000-0001-7946-8965]; Rnomica Teórica y Computacional
Los coronavirus (CoVs) son un grupo diverso de virus de ARN monocatenario de sentido positivo que infectan a una amplia variedad de mamíferos y aves. Si bien se ha documentado ampliamente la transmisión zoonótica de sarbecovirus como SARS-CoV, MERS-CoV y SARS-CoV-2, existen evidencias recientes que sugieren el potencial zoonótico de otros linajes como Deltacoronavirus (Delta-CoV) y Gammacoronavirus (Gamma-CoV). Esta investigación tuvo como objetivo analizar la evolución, diversificación y dispersión de las características genómicas de variantes de Delta-CoV y Gamma-CoV, con el fin de identificar marcadores moleculares y aportar evidencia sobre su diversidad y posible riesgo para la salud pública, así como la determinación de patrones asociados con la evolución viral y dispersión espacial integrando modelos filogeográficos. El estudio piloto considera dos enfoques para representar la información genómica: como secuencia y como estructura de ARN. Se analizaron 879 genomas completos, los cuales fueron sometidos a un filtrado según la calidad de las secuencias y eliminación de redundancias. Los resultados mostraron una alta diversidad genética y la presencia de presiones selectivas sobre ORF1ab y el gen S, favoreciendo la diversificación y adaptación a nuevos hospedadores. En particular, se observó que los Delta-CoVs circulan de forma natural en aves silvestres acuáticas, mientras que aves terrestres podrían actuar como hospedadores intermedios en su transmisión hacia aves de corral y mamíferos. Por su parte, los Gamma-CoVs presentan eventos de recombinación frecuentes, relacionados con la aparición de nuevas especies virales como el coronavirus de pavo (TCoV), el coronavirus de pato (DuCoV) y el coronavirus de la gallinas de Guinea (GfCoV). Estas dinámicas evolutivas se ven impulsadas por la transformación de hábitats asociada a la actividad humana y la intensificación ganadera. Este estudio destaca la importancia de ampliar la vigilancia genómica, incorporando una mayor diversidad de hospedadores y regiones geográficas. Los hallazgos obtenidos no solo contribuyen a la comprensión de los mecanismos de evolución y dispersión de los Delta-CoVs y Gamma-CoVs, sino que también proponen marcadores moleculares clave que podrían fortalecer los sistemas de vigilancia molecular y servir como base para futuras investigaciones y estrategias en salud pública. (Texto tomado de la fuente).
Efecto de los sesgos geográficos y taxonómicos sobre la evaluación del riesgo de extinción de especies del género Grallaria (Aves: Grallaridae) de los Andes colombianos
(Universidad Nacional de Colombia, 2025) Plazas Cardona, Dennys Johana; Cuervo Maya, Andrés Mauricio; Botero Delagadillo, Esteban; Plazas Cardona, Dennys Johana [0009000338772364]
Evaluar el riesgo de extinción es crucial para la conservación de la biodiversidad. Este estudio aplicó el Criterio B de la UICN para estimar la extensión de presencia (EOO) y el área de ocupación (AOO) en seis especies del género Grallaria. Utilizando modelos de distribución de especies (SDM) basados en registros de ocurrencia, se identificaron sesgos geográficos y ambientales que podrían afectar la precisión de las proyecciones. Para minimizar estos sesgos, los registros fueron filtrados y refinados en tres etapas, y se evaluó el impacto en la predicción del nicho climático mediante el algoritmo Maxent. Los resultados mostraron variaciones en las métricas de entropía y prevalencia entre los conjuntos de datos, sugiriendo que los sesgos geográficos y ambientales tienen un pequeño efecto en la predicción de las distribuciones. Además, se exploró el complejo taxonómico del Tororoi rufo (Grallaria rufula), recientemente desglosado en 16 nuevas especies, cinco de ellas restringidas a Colombia. La evaluación de estas cinco nuevas entidades taxonómicas reveló que tres de ellas deben clasificarse como amenazadas (VU o EN). Estos hallazgos subrayan la importancia de describir y reconocer nuevos taxones para mejorar la gestión de la conservación (Texto tomado de la fuente).

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